请问楼主，我的输入文件是.xyz，加了晶格以后，我也是按照sob老师和您这个操作一样执行阿，为什么我的第二步会报错阿？

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-15 12:05
选择力场和水模型的主要依据是是否适用于研究的体系，与分析是否方便无关。
如果用四点水计算氢键存在问 ...

嗯嗯，好的，谢谢啦

xjw 发表于 2022-4-15 10:38
您好，我想问下如果我想计算水的氢键可以用tip3p这种三点水嘛？是不是后期算氢键也方便一点啊

选择力场和水模型的主要依据是是否适用于研究的体系，与分析是否方便无关。
如果用四点水计算氢键存在问题，可以考虑删去虚拟原子后再计算。

牧生 发表于 2022-4-14 18:04
应该是以实际情况为准。因为虚原子是人为引进的，它并不存在的，所以应该去掉虚原子以后，计算三点水模型 ...

您好，我想问下如果我想计算水的氢键可以用tip3p这种三点水嘛？是不是后期算氢键也方便一点啊

牧生 发表于 2022-4-14 18:04
应该是以实际情况为准。因为虚原子是人为引进的，它并不存在的，所以应该去掉虚原子以后，计算三点水模型 ...

好的，谢谢哈

xjw 发表于 2022-4-14 17:56
哦哦，那请问怎么算每个水的氢键啊，您给的哪个算法可以嘛？

应该是以实际情况为准。因为虚原子是人为引进的，它并不存在的，所以应该去掉虚原子以后，计算三点水模型。但是氢键的数量，也不一定程序算出多少就是多少，比如常温常压的水，一个水分子形成3个氢键，但是以IGMH分析，可以看到四个归属于氢键的等值面，但其中有一个氢键的强度很弱，虽然其分布的距离和角度满足氢键的特征，但是强度不如一般我们理解上的氢键。
仔细看这个
http://sobereva.com/54

牧生 发表于 2022-4-14 17:55
无论三点水，或者四点水，都是四个氢键，只是氢键的强弱不等而已。

哦哦，那请问怎么算每个水的氢键啊，您给的哪个算法可以嘛？

xjw 发表于 2022-4-14 17:17
请问，正常情况下，四点水每个水分应该有几个氢键啊

虚原子只是为了使得电荷分布更合理，所以它本身不形成氢键。所以，不应该是四点水显示的样子作为氢键的数量，应该是三点水为准。
一个水分子，会与周围其他水分子形成四个氢键。

牧生 发表于 2021-11-5 21:27
看了一会，觉得问题出在四点水模型。每个氧原子形成了四个氢键，每个氢原子有两个氢键。所以一 ...

请问，正常情况下，四点水每个水分应该有几个氢键啊

我没时间细看。你在VMD里用Hbond的drawing method，恰当设置好几何判断阈值后，仔细从图上看看显示出的氢键是否合乎自己的期望、虚拟点有没有产生奇怪的额外影响。