卡开发发 发表于 2021-11-8 15:33
对。

好的，谢谢大佬

y1p1p1 发表于 2021-11-8 15:14
我要是用mulliken分析晶面每一层的电荷分布，是要把这些都加起来吗

对。

卡开发发 发表于 2021-11-8 11:20
目前来说，DMol3当中的（简缩）Fukui函数只针对分子体系（也就是没有周期边界下）有意义。

我要是用mulliken分析晶面每一层的电荷分布，是要把这些都加起来吗

卡开发发 发表于 2021-11-8 11:20
目前来说，DMol3当中的（简缩）Fukui函数只针对分子体系（也就是没有周期边界下）有意义。

好的，谢谢大佬

y1p1p1 发表于 2021-11-8 09:31
谢谢大佬，还想请教您一下晶面的电荷分布用mulliken布居数是怎么计算的，我在输出文件看到Pd111晶面电荷 ...

目前来说，DMol3当中的（简缩）Fukui函数只针对分子体系（也就是没有周期边界下）有意义。

y1p1p1 发表于 2021-11-7 09:27
大佬，还得请教您一下，我之前用dmol3优化晶胞的时候总能量和结合能偏差好像有点大，我的Pd111晶面总能量 ...

1、你指的结合能是什么？程序里面的结合能可能不是你想的那样，可能只是你的体系能量去扣除自由原子能量，这个能量是个广延量，随着晶格的超晶格扩展会成倍扩展。
2、周期体系没办法很轻易加减电荷，Fukui函数按照传统定义的方式去计算可能行不通。

卡开发发 发表于 2021-11-6 21:22
哦，我弄错了，你是111的面，你得取到3.

大佬，还得请教您一下，我之前用dmol3优化晶胞的时候总能量和结合能偏差好像有点大，我的Pd111晶面总能量是157938.450Ha，结合能7.323Ha，师兄的分别是157934.994 Ha和3.866Ha，怎么做可以更精确一点呢。还有就是电荷分布和Fukui函数是怎么计算的，我分析之后在结果文献里看不太懂。我的111晶面里电荷分布用mulliken算的不是0就是0.0001，这要怎么计算呢

卡开发发 发表于 2021-11-6 21:22
哦，我弄错了，你是111的面，你得取到3.

好的，我试一下，我是做了111，110，100三个晶面，好像thickness太厚会切出别的原子来的

y1p1p1 发表于 2021-11-6 21:03
好像不行呀，我发现我这已经是1.5层了

哦，我弄错了，你是111的面，你得取到3.

卡开发发 发表于 2021-11-6 20:55
切面的时候thickness=1.5试试，但是不建议这样，最好按整数来。

如果是一般的第一原理计算或者力场模 ...

好像不行呀，我发现我这已经是1.5层了

卡开发发 发表于 2021-11-6 20:55
切面的时候thickness=1.5试试，但是不建议这样，最好按整数来。

如果是一般的第一原理计算或者力场模 ...

师兄确实是用了1.5的，我之前为了匹配他的切割晶面的高度，厚度应该是变成了1.51，forcite和asorption这两个模块我没找到相应的视频和文献，运行动力学模拟只是一个分子的吸附模拟。我先去试下1.5层厚度有没有作用

y1p1p1 发表于 2021-11-6 19:17
师兄论文里我看是有这一层的，这是怎么做到的呀

切面的时候thickness=1.5试试，但是不建议这样，最好按整数来。

如果是一般的第一原理计算或者力场模拟按道理是把分子复制过去就行。adsorpition应该是各自存在一个xsd文件，然后adsorption似乎可以指定，但我不做这块不大了解，你可以自己摸索或者问更了解这块的人。

卡开发发 发表于 2021-11-6 18:30
少一层的原因是一开始你用default显示，那么边界上的原子就在两侧重复显示了，但是实际上并没有这一层， ...

还有就是他这个吸附模拟是怎么进行的，看起来好像不是直接复制分子过去，我之前按照教程复制分子然后用forcite进行动力学模拟也是只有一个分子的吸附，和我想象中的大量分子的吸附不太一样，还有asorption来进行动力学模拟好像可以通过选项直接把分子添加到晶面上，可是接下来的蒙特卡罗模拟就不知道怎么做了