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求助关于freeze组之后运行报错的问题

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溪临昭煌

发布时间: 2021-11-5 21:45

正文摘要:

各位老师好，我最近在模拟蛋白在高温下的部分构象变化，因为加入了restraint了之后整体构象仍然有较大变化而将restraint改为了freeze，但是在进行MD之后会立刻报错，据我实验发现如果我缩小freeze的范围的话就不会出 ...

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nianbin 发表于 Post on 2021-11-7 17:35:30

你模拟蛋白直接把蛋白freeze？

溪临昭煌 发表于 Post on 2021-11-6 21:07:17

sobereva 发表于 2021-11-6 18:14
freeze和控压一起用容易出问题，此文提了
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva. ...

谢谢老师，我再检查一下去

溪临昭煌 发表于 Post on 2021-11-6 21:06:50

土拔鼠发表于 2021-11-6 14:43
报错原因应该是在控压下使用freeze
按理说加了restraint之后不会出现很大的变化看看有没有正确的引用限制 ...

谢谢老师，我把控压注释掉之后就能正常运行了，果然是这个原因

sobereva 发表于 Post on 2021-11-6 18:14:16

freeze和控压一起用容易出问题，此文提了
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10

加入了restraint之后构象还有很大变化，要么是位置限制根本没生效（仔细检查拓扑文件，如果用了预处理指令，检查mdp里define=后面设置），要么位置限制势设得太小

土拔鼠 发表于 Post on 2021-11-6 14:43:45

报错原因应该是在控压下使用freeze
按理说加了restraint之后不会出现很大的变化看看有没有正确的引用限制文件在检查蛋白结构的时候最好把蛋白的平动和转动消除掉

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