dravendr 发表于 2021-11-10 10:57
非常感谢！下次老师开GROMACS班是什么时候？一定报名来学！

明年上旬，可以关注“北京科音”微信公众号，每次报名之前至少一个礼拜都会通知报名时间

sobereva 发表于 2021-11-10 01:57
你这种问题最适合跑GROMACS分子动力学来研究

非常感谢！下次老师开GROMACS班是什么时候？一定报名来学！

dravendr 发表于 2021-11-9 09:39
感谢sob老师的解答，不过我的任务是想要对比这个分子在某个温度下，是容易结晶还是容易在一个混合溶剂里 ...

你这种问题最适合跑GROMACS分子动力学来研究

sobereva 发表于 2021-11-8 21:55
你的输入文件有Tv（平移矢量），Gaussian当成了周期性体系来计算，这么大体系根本算不动。Gaussian的周期性 ...

感谢sob老师的解答，不过我的任务是想要对比这个分子在某个温度下，是容易结晶还是容易在一个混合溶剂里面溶解，所以我的思路是使用高斯来计算前者和后者。后者使用隐式溶剂模型（由于混合溶剂中使用的分子比较复杂，我查了一下高斯手册里面木有）或者是有机物混在一起的多个分子的簇。如果按照您说的方法，我使用cp2k或者vasp这种算周期性体系的软件的话，能量应该没法很好地相互对比吧。
所以我现在的思路是这样的，A,B,C三种分子都较大。对比分子簇的能量来评估A是否容易在B/C混合溶剂中结晶（B:C=1：1）：
对于结晶状态，我计算5个A分子的簇优化后的能量，得到的总值除以5，此体系记为A_cry；对于溶解状态，我计算1个A分子，两个B分子，两个C分子的簇优化过后的能量，此体系记为A2B2C_sol;然后我再计算两个B分子和两个C分子的簇优化过后的能量，此体系记为2B2C_sol；这三个体系，先opt freq，再把这个opt freq过后的结构改级别，算出高级别下的单点能
然后就是三个体系不同温度下的热力学矫正量使用shermo读取opt freq结果计算，加上高级别单点能，获得不同温度下三种簇的能量
然后就是对比EA_cry+E2B2C_sol与EA2B2C_sol在不同温度下的变化趋势，寻找交点来获得见解请老师给出一些建议，多谢

你的输入文件有Tv（平移矢量），Gaussian当成了周期性体系来计算，这么大体系根本算不动。Gaussian的周期性计算对于三维体系来说完全是个垃圾，没有任何实用性，速度超慢

你若要用Gaussian算，要么算单个分子，要么算多个分子的簇。
如果你要当周期性来算整个晶胞，推荐用CP2K
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）