CP2K的QM/MM速度与纯QM速度会相差几十倍呢？

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发布时间: 2021-11-9 10:20

本帖最后由函数与激情于 2021-11-9 10:26 编辑我使用CP2K的QM/MM方法想跑个有机小分子（11个原子）在水盒子中的metadynamics，QM区的计算方法是PBE0/DZVP-MOLOPT-SR-GTH，力场是使用的是AMBER。结果发现加上了 ...

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Huschein 发表于 Post on 2025-11-18 10:46:24

倒不是说MM的耗时问题主要是环境MM原子极化QM 使得SCF可能变得很难收敛不像纯QM优化那样，每次可以用先前的波函数作为初猜而且结构优化前面的结构也是比较好的 QMMM一跑起来，这个结构可能本身就不算很好(比起纯QM) 加上即使用之前的波函数作为初猜也和真实波函数有很大差异

sobereva 发表于 Post on 2025-11-18 07:02:33

huanghl 发表于 2025-11-17 18:23
请问， PARM_FILE_NAME complex_LJ_mod.prmtop 这个文件是从哪来的？

这是AMBER的拓扑文件，这种文件可以通过免费的AmberTools里的leap得到。

北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）讲CP2K的基于力场的模拟部分有模拟蛋白质的详细例子，用的也是leap产生prmtop。

huanghl 发表于 Post on 2025-11-17 18:23:52

请问， PARM_FILE_NAME complex_LJ_mod.prmtop 这个文件是从哪来的？

yjb 发表于 Post on 2022-3-16 20:33:56

你好，有cp2k跑QM/MM MD的教程吗？

elpa 发表于 Post on 2022-1-17 20:47:44

遇到过。但是OT每一步的耗时不知道为什么增加那么多。
但是可能由于MM分子的影响，每一步结构比纯QM变化大，ASPC靠前几步波函数组合做初猜，所以要更多的OT迭代步数才收敛。

函数与激情 发表于 Post on 2021-11-26 21:11:35

QM盒子尺寸根据你的QM区来定义，不用太大，大了会影响速度，我这个速度差异就是因为QM区盒子尺寸不合适造成。

Aridea 发表于 Post on 2021-11-26 19:48:11

大佬，这个60差别可能是杂化泛函导致的，如果换纯泛函不知是多少倍
另外请教大佬一个问题，我看别人周期性QMMM两个区域都要定义盒子的，这个盒子尺寸怎么确定合理性呢

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