请教，如何理解模拟中的压力

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发布时间: 2021-11-10 09:57

最近一直在做气体分子与水的过程模拟，发现在模拟过程中对同样数量的气体分子分配不同大小的空间，对于模拟后的压力影响很大，并且模拟过程的平均压力与设定压力相差很大，请问如何理解这个问题，在这种模拟过程中压 ...

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haoxil 发表于 Post on 2021-11-11 14:32:51

牧生发表于 2021-11-11 10:04
试试左边放甲烷水合物晶胞，右边放甲烷水溶液，不要将水和甲烷分开。在MD过程中，甲烷确实会因为不溶解而聚 ...

多谢，我再试试各相同性控压。这样建模拟盒子是为了重复下别人文章里的模拟过程，寻找三相共存线。在同样压力下我自己模拟出的平衡温度总是比文献里的低不少，但是分子的力场用的应该是一样的，而且模拟时间总是需要很长，一直不理解为什么出现这种情况

牧生 发表于 Post on 2021-11-11 10:04:24

试试左边放甲烷水合物晶胞，右边放甲烷水溶液，不要将水和甲烷分开。在MD过程中，甲烷确实会因为不溶解而聚集成气泡，但最终会变成均匀漂亮的水合物。

压力用这个pcoupltype = isotropic 不会有什么问题的

haoxil 发表于 Post on 2021-11-11 08:29:43

wzkchem5 发表于 2021-11-10 18:29
你做的是NVT还是NPT？

NPT过程

sobereva 发表于 Post on 2021-11-11 04:42:59

把体系截图贴出来，说清楚具体怎么设的控压，提供mdp

wzkchem5 发表于 Post on 2021-11-10 18:29:00

你做的是NVT还是NPT？

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