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酸碱水三种环境下的结构变化情况模拟的gromacs mdp文件求助

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tww

发布时间: 2021-11-11 16:44

正文摘要:

本帖最后由 tww 于 2021-11-12 10:40 编辑我将蛋白在酸碱水三种环境下进行模拟，三种环境下的力场均为amber99sb,水环境下直接跟着官网的教程走，酸碱两种环境下现在H++上对蛋白进行质子化，然后通过脚本amb2gmx. ...

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tww 发表于 Post on 2021-11-15 11:11:58

zaqxs234 发表于 2021-11-11 16:47
先把mdp文件传上来再说吧，跑NPT、还是NVT都没说清楚，怎么回答

我已经重新编辑了，麻烦您看一下，给我一些建议

tww 发表于 Post on 2021-11-12 10:38:52

zaqxs234 发表于 2021-11-11 16:47
先把mdp文件传上来再说吧，跑NPT、还是NVT都没说清楚，怎么回答

已重新编辑，麻烦老师您看一下

sobereva 发表于 Post on 2021-11-11 17:33:16

这提示只和计算效率有关，跟模拟结果无关

什么模拟细节都没有，三种情况质子化位点相差在哪里，什么条件跑的，跑了多长时间，用的什么力场等等一概不提，谁也没法回答。

仔细看此文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

zaqxs234 发表于 Post on 2021-11-11 16:47:28

先把mdp文件传上来再说吧，跑NPT、还是NVT都没说清楚，怎么回答

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