喵星大佬 发表于 2021-11-12 15:34
就是让你改成dynamic bond，不要让键画得乱七八糟的

好的，谢谢老师的建议~

Quantum198907 发表于 2021-11-12 15:33
我的理解是：VMD里的“Drawing Method”改为“DynamicBonds”，设置合适的截断距离，看上去就好多了 ...

嗷嗷这样~

王一伊 发表于 2021-11-12 15:02
冒昧问一句，我搜索了“修正轨迹”的帖子发现大多是原子或分子跑到设定的盒子之外之后的操作，此处的设置 ...

就是让你改成dynamic bond，不要让键画得乱七八糟的


再就是如果不要周期性你为啥要用cp2k去做AIMD，ORCA或者瓜丝不好么，至于温度，就这么几个原子温度肯定控制不好的，有H的体系先用SHAKE约束一下H，跑一阵子之后再放开。

王一伊 发表于 2021-11-12 15:02
冒昧问一句，我搜索了“修正轨迹”的帖子发现大多是原子或分子跑到设定的盒子之外之后的操作，此处的设置 ...

我的理解是：VMD里的“Drawing Method”改为“DynamicBonds”，设置合适的截断距离，看上去就好多了

喵星大佬 发表于 2021-11-12 12:20
你先修正一下轨迹这都什么玩意

冒昧问一句，我搜索了“修正轨迹”的帖子发现大多是原子或分子跑到设定的盒子之外之后的操作，此处的设置没有周期性，盒子里面的团簇是一个整体，请问这儿修正轨迹的意义是什么呢？谢谢老师~

你先修正一下轨迹这都什么玩意

王一伊 发表于 2021-11-12 11:23
谢谢老师回复
目前我测试了NOSE和CSVR两种热浴，我再试试您推荐的，感谢~

我也是在学习中，您有什么新的结论或者想法，欢迎分享，共同进步

Quantum198907 发表于 2021-11-12 11:03
我感觉结构变化严重是温度升高太快且升的太高引起的，是不是先考虑优化一下初始结构，再做动力学计算，或者 ...

谢谢老师回复
目前我测试了NOSE和CSVR两种热浴，我再试试您推荐的，感谢~

我感觉结构变化严重是温度升高太快且升的太高引起的，是不是先考虑优化一下初始结构，再做动力学计算，或者换个热浴方法，比如GLE......下图是我最近做的一个测试（49个水分子体系），个人看法，仅供参考。