wzkchem5 发表于 2021-11-17 18:11 好的，谢谢老师 |
晓滨MD 发表于 2021-11-17 10:21 要做构型搜索，确保计算用的是最稳定构型 |
wzkchem5 发表于 2021-11-15 20:38 再请问老师，如果我要计算离子液体的总体积和表面积，可以拿优化出来的几何构型直接计算吗？ |
sobereva 发表于 2021-11-15 23:12 谢谢老师，我学习一下 |
naoki 发表于 2021-11-15 22:28 谢谢老师，我学习一下 |
wzkchem5 发表于 2021-11-15 20:38 谢谢老师，我是要计算两者的总体积，因为后续是要把阴阳离子作为一个整体定义 |
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这跟MD没有关系 怎么算你截图里的面积和体积，3L的链接里已经说了。 如果你是要算MD过程中每一帧的面积和体积，可以自己写批处理脚本，循环对每一帧调用Multiwfn做计算和提取数据，参考 详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法 http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html） |
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好像不关MD什么事，可以看看Sob老师博文 谈谈分子体积的计算http://sobereva.com/102 使用Multiwfn和VMD计算分子表面积和片段表面积http://sobereva.com/487 使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴http://sobereva.com/426 |
| 你要求两者分别的体积和表面积，还是两者的总体积、总表面积？因为两者在一起的时候电子云会有一点重叠，总体系的体积和表面积不严格等于离子的体积和表面积之和 |
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