azero 发表于 2021-11-25 11:19 对 |
sobereva 发表于 2021-11-22 05:39 哦哦，似乎懂了 两条轨迹的Isovalue设置成相同值就行了吧 |
azero 发表于 2021-11-21 15:34 得把Draw设成isosurface啊... Points多难看 而且显然Isovalue不可能设成0，0还怎么比。要搞明白等值面图的定义。 |
azero 发表于 2021-11-20 20:34 我不知道你说的WT是什么（如果是指wild type，不要没有注明的情况下用缩写）、为什么isovalue设成不同的值，也不知道你具体想做什么、想怎么比 |
sobereva 发表于 2021-11-20 07:41 尝试分析了两条WT的轨迹，vmd的 ISOVALUE 分别为0.135和 0.121，还打算把 ISOVALUE设置为同一值后看点的密度 那该怎么比较来着，还是说用其他软件作图T_T |
azero 发表于 2021-11-19 14:29 加上-nodiv后可以直接对比 |
sobereva 发表于 2021-11-19 05:14 gmx spatial加上-nodiv 没问题了 能不能标准化? 就是我想对比该区域突变前后SDF的区别 |
azero 发表于 2021-11-18 09:31 理应不会有负值 gmx spatial加上-nodiv再试试 另外，也可以用VMD自带的这个，由于自动做了平滑化处理，效果比gmx spatial更好 
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本帖最后由 azero 于 2021-11-18 10:35 编辑 sobereva 发表于 2021-11-18 05:49 试了试GMX计算SDF，然后用VMD作图 发现ISOVALUE是负值，查了查，负值指的是处于“内部”吧 ① ISOVALUE 绝对值越小，小分子更乐于出现在该区域吧 比如 A区域-1 出现了点，而B区域-0.2才出现点，那应该是小分子更乐于呆在A区域吧 ② 假设我把A区域进行了氨基酸的突变，使得小分子呆在该区域的频率降低了。怎么对比突变前和后的SDF值 |
| 可以给溶剂里放一个要考察的小分子，跑MD，最后做个空间分布函数统计。为了同样模拟时间内采样更充分，可以适度多加几个被考察的分子 |
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