计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

如何用lammps的轨迹文件做出将原子投射到某一表面的RMSD图

查看数: 4046 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 1
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2021-11-17 17:40

正文摘要:

本帖最后由 好就是好 于 2021-11-17 17:44 编辑 最近看到一篇利用ReaxFF力场模拟氢气氢化二氧化钛颗粒使其产生表面无定形结构过程的文章,作者在模拟完成后用RMSD定义其结构的无序化,对其分析做出的图十分漂亮! ...

回复 Reply

好就是好 发表于 Post on 2021-11-18 09:18:30
sobereva 发表于 2021-11-18 05:54
我没看过那篇文章,但免不了自己写程序统计分析,这么特定、专一的分析极少有现成的分析工具

本身势能面 ...

看完博文后对势能面在分子模拟里的理解更为清晰了,希望疫情稳定后去北京参加培训班加深自己的学习,谢谢sob老师解答。看到另一篇博文里sob老师提倡我们一边做计算一边去学习所需的理论知识,那么对于写特定的分析程序也该这样做吗,应该怎么开始这样的学习呢?
sobereva 发表于 Post on 2021-11-18 05:54:52
我没看过那篇文章,但免不了自己写程序统计分析,这么特定、专一的分析极少有现成的分析工具

本身势能面就是不依赖于温度的,看下文。所以以尽可能重现量子化学势能面搞的力场参数是独立于温度的,只不过验证力场参数的合理性的时候往往要考虑实际条件进行模拟和实验数据对比
谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
http://sobereva.com/423http://bbs.keinsci.com/thread-10159-1-1.html

ReaxFF也不是总拿来研究高温,只不过你说到的那些问题正好比较适合ReaxFF,燃烧过程肯定也是高温情况,这类文章相对比较多见而已

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +3 收起 理由
Reason
好就是好 + 3 谢谢

查看全部评分 View all ratings

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-17 07:21 , Processed in 0.214456 second(s), 32 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list