sobereva 发表于 2021-11-21 06:15
这没有体现任何没达到平衡的信息
要考察平衡没有，通常应当绘制粒子数分布、氢键数目、盒子尺寸等等随时 ...

好的 谢谢老师

xryao 发表于 2021-11-20 10:34
sob老师，请问如何判断两相系统是否收敛呢，或者说怎么判断该体系达到稳定状态了？对该两相系统进行了100 ...

这没有体现任何没达到平衡的信息
要考察平衡没有，通常应当绘制粒子数分布、氢键数目、盒子尺寸等等随时间的变化曲线，平坦了就说明收敛了

sobereva 发表于 2021-11-20 09:07
基本可以忽略

好的，谢谢sob老师。

xryao 发表于 2021-11-20 09:04
好的，谢谢sob老师，每种分子的原子电荷加和是为0的，体系总电荷有0.02左右，这个是否可以忽略，我去尝试 ...

基本可以忽略

sobereva 发表于 2021-11-20 08:07
脂肪酸用GAFF结合RESP2(0.5)
水用OPC，用比较流行的SPC/E也凑合。
当前不牵扯生物分子，根本不涉及AMBER ...

好的，谢谢sob老师，每种分子的原子电荷加和是为0的，体系总电荷有0.02左右，这个是否可以忽略，我去尝试一下您推荐的力场。

脂肪酸用GAFF结合RESP2(0.5)
水用OPC，用比较流行的SPC/E也凑合。
当前不牵扯生物分子，根本不涉及AMBER力场
弄清楚净电荷不为0是怎么回事。先看看每种分子的原子电荷加和是否为0（Multiwfn输出的RESP/RESP2电荷的小数位数已经很多了，不应当会偏离0明显）。如果每种分子都为0，体系总电荷只是零点零零零零几那种程度（加和时数值误差累积所致），直接当成0即可。