uenh1998 发表于 2021-11-26 11:09 前辈您好，我最近也在做酶-配体-底物-结晶水的gromacs模拟，结晶水也需要保留。请问如何对结晶水进行位置约束？可以求您之前的水的限制势文件和用于做模拟的complex.gro和topol.top文件吗？我想对着修改一下。非常感谢您。 |
本帖最后由 uenh1998 于 2021-11-27 17:03 编辑 sobereva 发表于 2021-11-26 11:02 社长，water.itp里是我单独把11个水分子拿出来生成的限制文件。FIXWATER.itp是力场文件的单个水分子的itp文件。我把FIXWATER.itp原子部分改成楼上最下方那个图了。。我是直接复制粘贴并改了一下序号，发现还是出现氢氧原子各自跑到一边去的错误。具体我也没有查到这个itp的文件格式该怎么写。请问社长我这个图里的写法该怎么改呢。 |
uenh1998 发表于 2021-11-26 09:29 带有限制势字段[position_restraint]的文件是在被限制的分子的[moleculetype]之后引入的。[moleculetype]里的[atoms]里有多少个原子，你若想限制所有这类分子的原子，[position_restraint]里就要有多少原子。 |
sobereva 发表于 2021-11-24 08:05 好的社长，一定注意！ |
不得24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里同一问题，注意看群文件里群规，以及论坛置顶的论坛新社员必读贴
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sobereva 发表于 2021-11-23 09:06 社长，我已经完成了酶蛋白带上那几个关键结晶水的拓扑文件的获得，配体拓扑文件已获得，配体的限制势也已经获得并include到配体itp文件里，准备把配体itp文件include到主top文件里。1楼的第2、3张图片是主top文件的开头和末尾部分。 有一个问题想再请教一下社长，之前说要把这几个氧原子也要限制住。请问在top文件开头结尾这两张图片中需要怎么进行操作才能达到目的呢？麻烦社长详细说说了  。准备下个月分子动力学Gromacs模拟课上仔细学学，但是这两天研究就要用到，所以提前请教一下社长了。 谢谢社长！ |
uenh1998 发表于 2021-11-23 08:42 是 但这几个水分子需要加氢 而且做正式模拟之前的限制性动力学的时候要把这几个水的氧原子限制住免得跑走 |
sobereva 发表于 2021-11-23 08:31 所以只需要按常规操作，把小分子的拓扑文件include到主top文件里，不需要有其他多余的操作了吧 |
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结晶水和小分子又不是化学键连在一起的，当然不能合在一起用acpype来获得拓扑文件。和相关的氨基酸一起给acpype搞更是不可思议 水分子的拓扑文件本来就有现成的，诸如spce.itp。蛋白质标准氨基酸的定义直接在rtp里就有，不需要任何折腾。小分子拿acpype搞拓扑文件。 |
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