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请教残基能量分解结果的分析

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NicoleDH

发布时间: 2021-11-23 17:44

正文摘要:

本帖最后由 NicoleDH 于 2021-11-23 17:45 编辑各位老师好！本人最近做了一个蛋白质-小分子配体复合物体系的动力学模拟，接着用gmx_MMPBSA做了残基自由能分解，在分析结果的时候遇到以下问题，请教各位。 1 ...

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guoxiaomeng 发表于 Post on 2023-5-16 16:29:52

tongyu 发表于 2022-5-22 20:08
您好，可以讲一下怎么做的结果图吗，怎么处理的dat数据[左捂脸]。gmx_mmpbsa做出来的残基能量分解结果感觉 ...

你好，我想请问一下，你是怎么处理gmx_mmpbsa得到的dat数据的，谢谢

ｃｌａｒｅ 发表于 Post on 2022-11-28 20:25:59

tongyu 发表于 2022-11-28 19:46
复制结果数据到WPSExcel，数据-智能分列-手动处理，然后复制Excel里面的数据到origin作散点图即可

感谢回复！

tongyu 发表于 Post on 2022-11-28 19:46:51

ｃｌａｒｅ发表于 2022-11-8 10:26
想问问后面是怎么做的结果图呀？我也觉得gmx_mmpbsa做出来的残基分解能力结果有点乱

复制结果数据到WPSExcel，数据-智能分列-手动处理，然后复制Excel里面的数据到origin作散点图即可

ｃｌａｒｅ 发表于 Post on 2022-11-8 10:26:16

tongyu 发表于 2022-5-22 20:08
您好，可以讲一下怎么做的结果图吗，怎么处理的dat数据[左捂脸]。gmx_mmpbsa做出来的残基能量分解结果感觉 ...

想问问后面是怎么做的结果图呀？我也觉得gmx_mmpbsa做出来的残基分解能力结果有点乱

tongyu 发表于 Post on 2022-5-22 20:08:50

您好，可以讲一下怎么做的结果图吗，怎么处理的dat数据[左捂脸]。gmx_mmpbsa做出来的残基能量分解结果感觉好乱。

NicoleDH 发表于 Post on 2021-11-24 09:55:13

sobereva 发表于 2021-11-24 07:48
1 是。可能

2 这是很正常的事。正如同Na+和Cl-看似静电吸引作用极强，但在水当中也不会倾向于呆在一起。 ...

谢谢您的解答！

sobereva 发表于 Post on 2021-11-24 07:48:34

1 是。可能

2 这是很正常的事。正如同Na+和Cl-看似静电吸引作用极强，但在水当中也不会倾向于呆在一起。

3 没有其它数据做参照（如TI方法算的、实验值）的情况下，虽然不排除MMGBSA反倒更好的可能，但也只能用原理上更准确的MMPBSA

配体结构相似的话，也可以考虑用炼金术类的方法来算相对结合自由能，这可能更准。

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