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求助使用Multiwfn计算分子的长宽高的几个问题

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发布时间: 2021-11-23 20:04

正文摘要:

老师您好:学生又来打扰您了,想要请教您几个问题。万分感谢老师抽出宝贵时间为学生答疑。一、计算分子长宽高时,启动Multiwfn后,载入此分子的fchk文件,然后依次输入100 21  All会出现以下信息: Minimum ...

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lixiaoxiao 发表于 Post on 2021-11-25 16:48:06
sobereva 发表于 2021-11-24 18:42
1 显然改成4.0才正好贴着盒子。这都没必要问,直接找个体系自己一看便知。

2 体现分子尺寸啊。光给个 ...

谢谢老师的答复
sobereva 发表于 Post on 2021-11-24 18:42:26
lixiaoxiao 发表于 2021-11-24 17:45
您好老师:
我仔细思考了您的解答,还有些疑问。
一、在Multiwfn中输入size后,所计算分子表面与蓝色长 ...

1 显然改成4.0才正好贴着盒子。这都没必要问,直接找个体系自己一看便知。

2 体现分子尺寸啊。光给个长宽高的数字多抽象,所以程序用盒子明确图形化展示出来
lixiaoxiao 发表于 Post on 2021-11-24 17:45:27
sobereva 发表于 2021-11-24 08:53
1 X坐标最小、最大的原子的原子核位置

2 输入size后Multiwfn是对经过旋转之后的体系进行的判断,不是输 ...

您好老师:
我仔细思考了您的解答,还有些疑问。
一、在Multiwfn中输入size后,所计算分子表面与蓝色长方体表面相切吗?还是说把"Ratio of atomic size"设为4.0才会相切?
二、box-蓝色长方体长宽高代表什么物理意义?
感谢老师的耐心解答!
lixiaoxiao 发表于 Post on 2021-11-24 14:16:40
sobereva 发表于 2021-11-24 08:53
1 X坐标最小、最大的原子的原子核位置

2 输入size后Multiwfn是对经过旋转之后的体系进行的判断,不是输 ...

谢谢老师的答复
sobereva 发表于 Post on 2021-11-24 08:53:45
1 X坐标最小、最大的原子的原子核位置

2 输入size后Multiwfn是对经过旋转之后的体系进行的判断,不是输入文件里的原坐标。而且还考虑了原子半径(显然衡量尺寸时box不能正好卡着原子核)

3 使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html
里面明确说了
"Ratio of atomic size"设置图中原子球的大小,如果设为4.0,则原子球半径将恰等于原子的bondi范德华半径,如果设为0,则相当于不显示原子球。

4 第2条我已经解释了

PS:别乱加弥散函数,仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
sobereva 发表于 Post on 2021-11-24 08:53:45
1 X坐标最小、最大的原子的原子核位置

2 输入size后Multiwfn给出的是对体系经过旋转之后的,不是输入文件里的原结构。而且还考虑了原子半径

3 使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html
里面明确说了
"Ratio of atomic size"设置图中原子球的大小,如果设为4.0,则原子球半径将恰等于原子的bondi范德华半径,如果设为0,则相当于不显示原子球。
4 第2条我已经解释了

PS:别乱加弥散函数,仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
sobereva 发表于 Post on 2021-11-24 07:39:30
你当前是提问帖,为什么选“Multiwfn资源与经验”分类?
而且你的标题“使用Multiwfn计算分子的长宽高”会严重令别人以为是分享计算经验(更何况原本我就有一个帖子叫《使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴》http://sobereva.com/426),而不是提问,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html了解本论坛发帖时候的标题规范。本论坛对于帖子标题有严格要求

这次给你改了,下次再违规乱写标题、乱设分类直接删帖扣分处理

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