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求助Gromacs单向施压物理意义及如何操作

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发布时间: 2021-11-25 00:52

正文摘要:

背景描述:为了获得某物质的融点melting point。固态和液态两个状态的同种物质同时放入系统中。如果在某一温度区间,系统发展成完全液相或完全固相,这证明melting point处于该温度区间,示意图如图所示。 问题1: ...

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许豪铭 发表于 Post on 2023-11-27 14:29:14
Ymw2021 发表于 2021-11-26 22:13
谢谢sob老师,我大致了解了其意义,我再去原文里多看看。感谢

你好,我想问问,这个原文在哪
Ymw2021 发表于 Post on 2021-11-26 22:13:33
sobereva 发表于 2021-11-26 11:41
施加压力和控压语义不同,你当前的问题是控压。而施加压力相当于直接给原子加上外力,不是压浴干的事。

...

谢谢sob老师,我大致了解了其意义,我再去原文里多看看。感谢
sobereva 发表于 Post on 2021-11-26 11:41:04
施加压力和控压语义不同,你当前的问题是控压。而施加压力相当于直接给原子加上外力,不是压浴干的事。

XY方向不控压应当是避免随着模拟进行盒子在XY方向的尺寸出现自发的变形,导致被考察的模型的特征被破坏。原文可能有更多说明。
Entropy.S.I 发表于 Post on 2021-11-25 14:03:49
牧生 发表于 2021-11-25 13:41
我对这个产生了兴趣,但是对于我这样一个盒子(模拟气体通过一个多孔介质),如图所示,有三个压力,该如 ...

压力耦合应该做不到这个。可以试试用NVT系综,初始模型左边放高浓度气体分子,右边真空,限制中间多孔材料在z方向的移动
牧生 发表于 Post on 2021-11-25 13:41:32
Entropy.S.I 发表于 2021-11-25 09:59
控压用半各向同性(semiisotropic)或各向异性(anisotropic),平行于界面方向压缩系数设置为0

我对这个产生了兴趣,但是对于我这样一个盒子(模拟气体通过一个多孔介质),如图所示,有三个压力,该如何设置其中一个方向的压力有差异呢,如图中,Z方向入口5 MPa,出口0.1MPa

Entropy.S.I 发表于 Post on 2021-11-25 09:59:37
牧生 发表于 2021-11-25 06:50
请问一下,如何实现的单向加压力啊。mdp里面如何设置

控压用半各向同性(semiisotropic)或各向异性(anisotropic),平行于界面方向压缩系数设置为0
牧生 发表于 Post on 2021-11-25 06:50:55
请问一下,如何实现的单向加压力啊。mdp里面如何设置

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