而且速度并不是跟单精度有关，FP32有40T的RTX A6000/A40速度就没有FP32只有19T的A100快

tjuptz 发表于 2021-11-27 16:50
请问gromacs还在第一梯队嘛

gmx已经落后很多，目前最快的应该是Schordinger的Desmond，比gmx快2倍多，AMBER由于GPU利用效率高，也比GMX快不少，因为这事我已经收拾收拾准备用AMBER和Desmond了，下一步估计就是怂恿学校买Schordinger（bushi

喵星大佬 发表于 2021-11-28 11:02
同时功能还是最简单的，但不妨碍现在用户基数巨大和使用比较简单

审美疲劳之后，搞一点NAMD感觉很舒服 ：D

exity 发表于 2021-11-28 08:32
gmx速度优势丧失的话....

同时功能还是最简单的，但不妨碍现在用户基数巨大和使用比较简单

darkseal 发表于 2021-11-26 19:43
我是这样说的：namd2试过了速度太慢，老板推荐amber20，说是速度很快，所以想试试。此外承诺了个人使用和 ...

你要用namd3来比，会比amber慢一点，但是没这么多，amber又会比openmm慢一点

gmx速度优势丧失的话....

tjuptz 发表于 2021-11-27 16:50
请问gromacs还在第一梯队嘛

确实不如Amber和OpenMM，NAMD3

请问gromacs还在第一梯队嘛

你试试NAMD3 cuda版，看看哪个快，我没有测试

Amber runnning is quite fast, you should try acemd3 from acellera can work with amber filles and is pretty fast, I tested a few systems and is faster than amber

Entropy.S.I 发表于 2021-11-26 16:43
话说你最后是咋申请到的pmemd，我这edu邮箱发给Gmail总是被退信……

我是这样说的：namd2试过了速度太慢，老板推荐amber20，说是速度很快，所以想试试。此外承诺了个人使用和发文章的时候会引用。
对方二话不说就同意了。大概一周拿到软件。

话说你最后是咋申请到的pmemd，我这edu邮箱发给Gmail总是被退信……

两个程序开发的思想就不一样，Gromacs现在可以在GPU运行非键短程，成键，PME，更新坐标这些运算，但是包括构建和更新邻居列表之类的还是在cpu运行的，NAMD2类似

但是Amber在GPU运行的时候真的是全在GPU上运行，CPU基本在瞧。NAMD3貌似也是这样

只希望gromacs单任务也能跑满GPU，而不要60~70%左右浮动。