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利用RESP2拟合静电荷时出现SCF不收敛的问题

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zjx-leslie

发布时间: 2021-11-30 18:49

正文摘要:

本人根据“RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算”一文（http://sobereva.com/531），尝试计算FMN分子的净电荷，分子结构文件从PDB数据库中获取，在利用gaussian16进行第一步的分子结构优化时，出现L502报错， ...

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zjx-leslie 发表于 Post on 2021-11-30 22:45:54

wzkchem5 发表于 2021-11-30 20:47
PDB解不出氢原子，氢原子是程序自动加的，并不代表实验上真的看见那里有氢。再者FMN的晶体结构也不一定是 ...

好的，非常感谢！

wzkchem5 发表于 Post on 2021-11-30 20:47:56

zjx-leslie 发表于 2021-11-30 13:30
谢谢您的回复，我是参照paper里构建的分子，整体电荷为0，亚氨基的氮被认为带一个正电荷，羟基被认为是带 ...

PDB解不出氢原子，氢原子是程序自动加的，并不代表实验上真的看见那里有氢。再者FMN的晶体结构也不一定是在生理pH下得到的。
确认总电荷没问题的前提下，建议优化时考虑溶剂。你现在等于是在真空里算的，所以FMN分子会尽可能地蜷曲自己，来降低能量，一方面导致需要更多步优化才能收敛，另一方面也导致优化得到的构象可能不具有代表性，不能代表真实模拟过程中的构象。sob老师的输入文件只在溶剂不会显著影响分子构象时才适用，对于溶剂会显著影响分子构象的情形，需要灵活变通，在优化时就加溶剂模型

wzkchem5 发表于 Post on 2021-11-30 20:15:20

生理条件下FMN的磷酸根应该是电离的（至少电离一个质子，我估计会电离2个），此外也要检查一下FMN的那个环系的总电荷。必须把分子的总电荷搞对了，拟合RESP电荷才有意义

zjx-leslie 发表于 Post on 2021-11-30 18:52:37

后两张图，第一张图是初始机构，后一张图为优化到第60轮的结构

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