带结晶水的Gromacs模拟后结晶水断键的问题

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发布时间: 2021-12-2 21:37

老师们好，近一段时间在研究带结晶水的蛋白配体相互作用的动力学模拟问题，结晶水涉及到与配体蛋白的氢键问题故保留。蛋白结晶水一起用pdb2gmx生成拓扑文件，配体用acpype生成拓扑文件，同时生成配体 ...

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lujuju 发表于 Post on 2024-8-22 20:51:12

NicoleDH 发表于 2021-12-3 20:03
我也觉得有可能。我最近也在做保留结晶水的模拟，我也是像上面那样做的，能量最小化后没有问题。

请教 ...

前辈，您好。我最近也想做一个结晶水-蛋白-配体复合物的gromacs模拟。蛋白和配体的top文件和限制势文件我都已经获得了。我也出现了楼主同样的问题，可以把求您之前的水的限制势文件和用来做模拟的top文件吗？非常感谢您。

yuyin 发表于 Post on 2023-2-22 19:46:30

请问小姐姐的结晶水氧原子的氢原子以哪种方式添加的呀

NicoleDH 发表于 Post on 2021-12-3 20:27:56

uenh1998 发表于 2021-12-3 20:12
我认为预平衡阶段，到成品MD模拟前，都需要带着。成品模拟时去掉限制。之前做没结晶水的研究时，是这么做 ...

我看过你的文件，除了和你的顺序不一样以外都是差不多的。我私发给你

uenh1998 发表于 Post on 2021-12-3 20:12:46

本帖最后由 uenh1998 于 2021-12-3 20:17 编辑

NicoleDH 发表于 2021-12-3 20:03
我也觉得有可能。我最近也在做保留结晶水的模拟，我也是像上面那样做的，能量最小化后没有问题。

请教 ...

我认为预平衡阶段，到成品MD模拟前，都需要带着。成品模拟时去掉限制。之前做没结晶水的研究时，是这么做的

顺便能否求一份你的带结晶水的.gro与.top文件，我想看看你怎么写的

uenh1998 发表于 Post on 2021-12-3 20:10:29

牧生发表于 2021-12-3 19:58
如社长所说的，极大概率(我认为可能有99.9%)是.top文件和.gro文件里面include的itp顺序对不上。数量也不多 ...

刚又重新看了一下，.top与.gro两者顺序确实是对得上的。都是配体，蛋白，结晶水，溶剂SOL，离子。

实在是整不明白了

数目也能对得上。但他就是出错

NicoleDH 发表于 Post on 2021-12-3 20:03:33

牧生发表于 2021-12-3 19:58
如社长所说的，极大概率(我认为可能有99.9%)是.top文件和.gro文件里面include的itp顺序对不上。数量也不多 ...

我也觉得有可能。我最近也在做保留结晶水的模拟，我也是像上面那样做的，能量最小化后没有问题。

请教下，保留结晶水，能量最小化后的NVT平衡需要再对保留的水分子做限制吗？还是说只限制配体就行了？

牧生 发表于 Post on 2021-12-3 19:58:31

本帖最后由牧生于 2021-12-3 20:00 编辑

如社长所说的，极大概率(我认为可能有99.9%)是.top文件和.gro文件里面include的itp顺序对不上。数量也不多，就两个

如果.gro里面的顺序是ABCBCA，那么.top里面最好也依次写为ABCBCA，并写上正确的个数，

牧生 发表于 Post on 2021-12-3 14:23:02

VMD打开输出结构em.gro并查看结晶水构象，，这一步，有没有unusual 之类的提示？

sobereva 发表于 Post on 2021-12-3 01:18:31

我实在没时间细看，建议你把问题反复简化、对比。比如先不考虑结晶水，看跑得怎么样，确信没问题了，再把结晶水带上去。或者比如先不考虑限制势，跑跑看是否断键，等等。反复检查总能找到原因。大概率就是拓扑文件有问题，或者和结构文件里原子顺序对应有问题，导致参数错乱之类

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