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gmx如何统计和Cl离子形成的氢键的数目

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二饼妹

发布时间: 2021-12-3 10:17

正文摘要:

本帖最后由二饼妹于 2021-12-3 10:49 编辑老师好，我在一篇论文中看到了图1 中的氢键统计图，体系为氯化胆碱（ChCl)+尿素（urea），成为Reline (1：2)，我采用gmx hbond对体系md最后1ns的氢键的数目进行统计， ...

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Jotaro 发表于 Post on 2022-3-11 15:33:33

本帖最后由 Jotaro 于 2022-3-11 15:34 编辑

如果用gmx投机取巧的话，可以将含氯物质的top文件中[ atom ]一栏cl对应的元素改成N或O，然后grompp一个新的tpr，运行gmx hbond -f md.xtc -s trick.tpr (略) ,以此骗过gmx

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sobereva 发表于 Post on 2021-12-12 05:08:54

二饼妹发表于 2021-12-11 16:52
老师，当我用算氯化胆碱（ChCl）+乙二醇（ETG）体系内的氢键时，选择resname Cl,resname ETG是可以顺利算 ...

不能光把氢写上去，还必须把与氢相连的重原子一起纳入选区
记住VMD对氢的判断是：给体重原子 - 氢 ...... 受体重原子
如果不给定给体重原子，VMD是无法判断氢键的

WB1040720479 发表于 Post on 2021-12-8 10:13:59

chema 发表于 2021-12-8 08:40
啊，还能报错吗，我都是点那个统计氢键的图标，然后一个个数来着，你是用脚本了吧

一个个数也是个好方法哈哈！！我用了share文件里的hbond脚本，就会报错！！

chema 发表于 Post on 2021-12-8 08:40:51

WB1040720479 发表于 2021-12-7 17:17
Illegal division by zero at -e line 42.
请问您一下我MS计算氢键遇到了这样的报错是咋回事呀？

啊，还能报错吗，我都是点那个统计氢键的图标，然后一个个数来着，你是用脚本了吧

WB1040720479 发表于 Post on 2021-12-7 17:17:35

chema 发表于 2021-12-3 11:22
MS统计氢键可以指定受体元素，可以导出某帧构型来用MS统计，不过工作量有点大。也可以试试VMD，我记得VMD也 ...

Illegal division by zero at -e line 42.
请问您一下我MS计算氢键遇到了这样的报错是咋回事呀？

sobereva 发表于 Post on 2021-12-4 23:22:21

二饼妹发表于 2021-12-4 15:32
嗯老师，这个我看过了，我想计算的基团是氯化胆碱阳离子部分（残基名为CHO）和氯离子（残基名为Cl），sel ...

明显是你载入轨迹的方式不对

ID=0那个体系对应eqvis.gro，只有一帧，当然只能分析一帧的情况，仔细看VMD main窗口

sobereva 发表于 Post on 2021-12-4 01:41:48

二饼妹发表于 2021-12-3 17:20
谢谢，我试了一下VMD，导入了md.gro，体系为氯化胆碱+尿素，我想要计算CHO-Cl之间的氢键，设置如下，但是计 ...

先搞懂选择语句
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

而且搞懂界面上两个选择语句输入的地方各是干嘛的

wenzihao 发表于 Post on 2021-12-3 21:18:46

可以使用VMD的命令行实现，例如measure hbonds 3.5 30 atomselect0 atomselect1 前面是给体基团，后面是受体基团

chema 发表于 Post on 2021-12-3 11:22:13

MS统计氢键可以指定受体元素，可以导出某帧构型来用MS统计，不过工作量有点大。也可以试试VMD，我记得VMD也可以指定受体元素来着。

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