计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 量子化学 (Quantum Chemistry) › 优化黄素类辅基结构遇到不收敛以及结构不符合预期的问题

优化黄素类辅基结构遇到不收敛以及结构不符合预期的问题

查看数: 3235 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

zjx-leslie

发布时间: 2021-12-7 20:55

正文摘要:

本人想采用sob老师的RESP2方法拟合一个异戊二烯化的FMN的RESP电荷用于后续的QMMMMD计算，在构象优化的过程中遇到一系列问题，想请教一下论坛的各位前辈。最初，本人用单个异戊二烯化 ...

回复 Reply

zjx-leslie 发表于 Post on 2021-12-7 22:22:31

sylar 发表于 2021-12-7 21:22
我做过这个辅酶，但把磷酸截断了，优化以后是这个样子的，你这个优化出来的太奇怪了
单独的这个初始结构太 ...

非常感谢您的回复，我理解了您的意思，我这一步主要是想计算RESP电荷用于后续的建模，所以侧链这一部分没有的话，对于拟合这个分子的resp电荷的不确定是否有影响。
还有就是我这个体系里，是哪一部分的电荷不合理呢，是残基还是fmn呢，因为我主要也考虑到fmn的侧链磷酸会电离，所以就保留侧链了，而且侧链也会和锰离子形成配位

sylar 发表于 Post on 2021-12-7 21:22:46

本帖最后由 sylar 于 2021-12-7 21:29 编辑

0 1
C -1.45226400 3.11626500 0.24560000
N -1.05873900 1.72230100 0.03599300
C -2.00676800 0.76269600 -0.23310300
C -1.60646300 -0.58390500 -0.25196900
C -2.54082700 -1.58643100 -0.66485100
N -3.80119000 -1.07521700 -0.93264100
C -4.19791800 0.25812800 -0.79245500
N -3.25285500 1.17726800 -0.46608100
O -5.38677200 0.54975000 -0.99472000
O -2.31541300 -2.80017600 -0.80633000
N -0.29508900 -0.93576700 0.13893200
C 0.71680300 0.06075400 -0.05080300
C 0.28935000 1.39549200 -0.08692800
C 1.25675600 2.38531900 -0.25307700
C 2.58560600 2.05422200 -0.47395500
C 2.99874100 0.70327700 -0.50626000
C 2.07042500 -0.30511100 -0.19609500
C 2.42084400 -1.79223900 -0.04098100
C 1.41352000 -2.39994400 0.95725500
C 0.01212500 -2.10180500 0.63754900
C 3.80100700 -2.07257300 0.58434000
C 2.29333400 -2.50014300 -1.40166300
C 4.42092100 0.41638200 -0.91987800
C 3.56784600 3.17216600 -0.69826500
H -0.80733300 3.55546200 1.01098000
H -2.48406400 3.13626200 0.59002100
H -4.50953700 -1.74170000 -1.21547200
H 0.96955700 3.42965800 -0.26267800
H 1.54802700 -3.48474000 1.01387900
H 1.62612300 -2.00236600 1.96603900
H -0.79527500 -2.80160500 0.80480200
H 3.79631600 -3.09361800 0.98078900
H 4.61878700 -2.01135800 -0.13165500
H 4.00412600 -1.38830500 1.41433200
H 2.52097700 -3.56652800 -1.28944700
H 1.28037100 -2.40487600 -1.80882500
H 2.99195300 -2.07310800 -2.12754200
H 4.77693000 1.20147800 -1.58972300
H 5.10906200 0.38168800 -0.06717700
H 4.50390000 -0.52524000 -1.46028800
H 3.11218800 4.13554300 -0.45826600
H 4.46355700 3.04775700 -0.08107800
H 3.89954800 3.20839900 -1.74309900
H -1.37403400 3.70235200 -0.67823300

复制代码

我做过这个辅酶，但把磷酸截断了，优化以后是这个样子的，你这个优化出来的太奇怪了
单独的这个初始结构太离谱，有氨基酸的截断位置缺氢，电荷不对，试着删除主链，冻结氨基酸的CA，一定要把CA的氢补齐

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register