byqyb 发表于 2021-12-10 10:53
另外老师，想问一下，对于蛋白中含有金属镁，对金属位点（含ATP、2个氨基酸、2个结晶水）用有键模型比较 ...

Mg2+的话哪怕光靠静电作用都大概率能维持住，没必要非得用MCPB折腾

byqyb 发表于 2021-12-10 10:46
尝试改了几次关键词，还是报错
报错是这样的：
    Optimization stopped.

自行监控收敛趋势、优化轨迹判断是什么情况，别盲目尝试、像瞎子一样稀里糊涂计算

另外，该带隐式溶剂模型的时候要带隐式溶剂模型

sobereva 发表于 2021-12-10 09:03
我不用mcpb.py，细节不清楚，但你问的Gaussian那些问题都是最老生常谈的，首页google框一搜就有答案

不 ...

另外老师，想问一下，对于蛋白中含有金属镁，对金属位点（含ATP、2个氨基酸、2个结晶水）用有键模型比较好（mcpb.py 将配位键以键的形式表示，包括键长键角二面角等项），还是非键模型比较好（ 12-6-4 LJ-Type Nonbonded Model，仅通过静电和VDW项处理金属离子-蛋白质相互作用）？  另外这两个结晶水如果去掉的话，对后续MD模拟会有影响吗？

sobereva 发表于 2021-12-10 09:03
我不用mcpb.py，细节不清楚，但你问的Gaussian那些问题都是最老生常谈的，首页google框一搜就有答案

不 ...

尝试改了几次关键词，还是报错
报错是这样的：
    Optimization stopped.
    -- Number of steps exceeded,  NStep= 211
    -- Flag reset to prevent archiving.
我尝试过更改关键词为
opt=(MaxStep=5,NoTrustUpdate,Cartesian)、 opt=gdiis 、 opt(gdiis,maxstep=4,notrust) 依旧会报错Optimization stopped.  所以我在想是不是我的结构有问题，想让老师帮我参考一下。体系包含一个Mg 一个ATP 两个配位氨基酸THR SER 两个结晶水  水和配位氨基酸都去掉一个H，最终电荷为-6

输入文件如下：BC_small_opt.com
$RunGauss
%Chk=BC_small_opt.chk
%Mem=32GB
%NProcShared=20
#N B3LYP/6-31G* Geom=PrintInputOrient Integral=(Grid=UltraFine) opt(gdiis,maxstep=4,notrust)
SCF=XQC

CLR
-6  1
H          17.257  140.718  220.580
C          18.267  140.356  220.388

我不用mcpb.py，细节不清楚，但你问的Gaussian那些问题都是最老生常谈的，首页google框一搜就有答案

不要说什么l9999报错，这是菜鸟的提问方式
仔细看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164