求个in文件万分感谢本人小白 只想参考学习一下

您好Sob 老师，打扰了，我是发PVDF帖子的，感谢你之前帮我解决了疑惑，显示我的帖子回复不了，所以私信您，请教您一个问题，对于PVDF（聚偏氟乙烯）我做了改性，将上面的两个氢原子换成了一个羰基，本来PVDF 组成的氢， 碳，氟，从文献里可以有电荷，用的是Byutner的计算的电荷，Q氢=0.1807，Q氟=-0.2266，Q碳-氢=-0.5202，Q碳-氟=0.6120。因为没有找到相关的用羰基替换氢原子的PVDF的电荷值，我用RESP拟合了改性的PVDF的电荷，每个原子电荷值都不相同，我能不能用未改性前PVDF电荷值，羰基中的氧原子的电荷值等于原来两个氢原子的电荷值之和。（没有文献支撑），谢谢老师帮我解答。

Lir 发表于 2021-12-10 10:40
不好意思Sob老师，是我没有表述清楚，我用CM5电荷是来计算上面的那个有机分子的，这篇文献里写的是1.27的 ...

对于分子处在真空状态下，用CM5比用1.2*CM5大概率更好。1.2的目的是等效体现极性溶剂环境对溶质的极化作用，而真空里都没这种作用。即便分子被聚合物吸附后，聚合物对被吸附分子的极化作用也远低于水环境。
原理上，当前情况用Multiwfn算RESP电荷比CM5明显是更好选择，CM5对静电势的重现性远不如RESP。

sobereva 发表于 2021-12-10 04:28
他那个文章只是测试了一个体系，并没有什么普适性，而且那个体系和PVDF特征相差很大，不代表用于PVDF时1. ...

不好意思Sob老师，是我没有表述清楚，我用CM5电荷是来计算上面的那个有机分子的，这篇文献里写的是1.27的比例因子适合于他的凝聚相，我也不太确定我可不可以用1.27，如果1.2是有普适性的话，我就用1.2.

Lir 发表于 2021-12-9 15:18
谢谢Sob老师的耐心指导，他报的是上面单晶分子的几个原子键原子丢失的错误，我用VMD看了一下，这个几个原 ...

他那个文章只是测试了一个体系，并没有什么普适性，而且那个体系和PVDF特征相差很大，不代表用于PVDF时1.27就比1.2更好

sobereva 发表于 2021-12-9 15:06
我不用Lammps，没法全面回答。我不知道1.27怎么来的，如果文献里证明乘上这个系数比较适合算这个体系，你就 ...

谢谢Sob老师的耐心指导，他报的是上面单晶分子的几个原子键原子丢失的错误，我用VMD看了一下，这个几个原子扭曲的厉害就认为是二面角的错误，虽然这个报错未必是二面角，关于那个电荷的问题我是看了下面一篇文献https://doi.org/10.1016/j.cplett.2020.137707

我不用Lammps，没法全面回答。我不知道1.27怎么来的，如果文献里证明乘上这个系数比较适合算这个体系，你就乘这个。1.2是比较普适的系数，如果文献里没证据1.27能更好，就用1.2。

你这个分子就是普通有机体系，理应ligpargen不至于搞不了，也不至于分配离谱的力场系数。NPT是否报错也和二面角未必有什么直接关系，你可以先在真空里只跑单分子看看动力学行为是否正常。

sobereva 发表于 2021-12-9 15:01
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

谢谢Sob老师，请问一下利用multiwfn计算出的CM5电荷可否乘以1.27的系数

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的严重不恰当标题“分子模拟LAMMPS”改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。