flyingchow 发表于 2021-12-14 23:00
老师，我想我们说的是用fck文件做完表面积的cub文件，和摆正的长宽高的pdb文件不能重合。所以难以做出如 ...

你用摆正之后的pdb文件再重新产生波函数文件，用Multiwfn计算表面顶点不就完了
记得加nosymm

sobereva 发表于 2021-12-11 04:08
贴图方式不对，仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图

显然我说的是计算长宽高功能的后处理菜单

老师，我想我们说的是用fck文件做完表面积的cub文件，和摆正的长宽高的pdb文件不能重合。所以难以做出如发表文章里那样的图。（pbc的盒子偏离位置）
我用摆正位置的pdb文件来做出promolecular的表面积cub文件，就可以重合了。但似乎不太精确。

flyingchow 发表于 2021-12-11 00:19
老师，Multiwfn计算完表面积后的后处理选项，没有您说的这个选择。您能不能详细说下，怎么产生新的调整过 ...

贴图方式不对，仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图

显然我说的是计算长宽高功能的后处理菜单


博文里都写得如此明白了，怎么还会搞不明白
使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴
http://sobereva.com/426（http://bbs.keinsci.com/thread-10226-1-1.html）

如果想把坐标已经被Multiwfn旋转后的当前体系导出成pdb文件，从而能在VMD等程序中显示，可以选择2 Export the geometry in new orientation as new.pdb in current folder，此时当前目录下就会产生new.pdb。此文件中有个CRYST1字段，记录了此体系的长宽高。

sobereva 发表于 2021-12-10 12:40
1 用完那个功能后选择2 Export the geometry in new orientation as new.pdb in current folder，把导出的 ...

老师，Multiwfn计算完表面积后的后处理选项，没有您说的这个选择。您能不能详细说下，怎么产生新的调整过位置的pdb文件？谢谢。

1 用完那个功能后选择2 Export the geometry in new orientation as new.pdb in current folder，把导出的新的pdb文件放VMD里显示

2 VMD里Display - Render mode - normal