a9471163 发表于 2021-12-20 15:22 老师您好，想跟您请教一下“他之前一直以为是摩尔比占30%，这大大高估了实验方面所得材料的O含量，事实上这种高O比例的材料可能根本就不存在”。氧化石墨或者氧化石墨烯中，我理解这个氧碳比是正常范围之内的，为什么您会认为这是不存在的呢？我最近也碰到类似的问题了，实在费解 |
喵星大佬 发表于 2021-12-20 07:38 老师您好，祝您春节快乐，虎年吉祥，您之前让我认识到oplsaa力场是适合模拟生物炭的，非常感谢您，您之前推断说：扭曲到这个程度不可能是静电作用计算的问题，这个判断总体上也是非常准确的，不过我今天有了新发现。在一个多孔生物炭模拟中（这个模型比之前的更复杂些因为分子的表面缺陷有很多），我发现仅当力场参数合理但原子电荷不合适时，同样模拟报错，并且官能团出现扭曲，所以这个“扭曲到这个程度”也有一部分原因确实是静电作用不合理造成的，新帖在http://bbs.keinsci.com/thread-27631-1-1.html#pid187255，感谢大佬观看和探讨~ |
喵星大佬 发表于 2021-12-22 12:42 大佬您好，能顺利模拟结束离不开您的帮助，祝您元旦快乐，在数据处理时有1个疑惑，您能否支支招，谢谢您咯~http://bbs.keinsci.com/thread-27222-1-1.html |
喵星大佬 发表于 2021-12-22 12:42 大佬，实在是麻烦您了，我的氧化石墨烯在cgenff力场下终于是可以模拟了，多亏了您的帮助，可我还差一个有机小分子（双酚A）的模拟在相同力场下跑不起来，报错归纳到帖子http://bbs.keinsci.com/thread-27141-1-1.html#pid183898里面了，您看能否支支招呢，感谢~  |
本帖最后由 a9471163 于 2021-12-26 23:56 编辑 喵星大佬 发表于 2021-12-22 12:42 老师您好，想请教一下这种情况您遇到过么，cgenff力场不报错可能量极小化做不了http://bbs.keinsci.com/thread-27132-1-1.html 另外cgenff力场和MMFF力场相比于GAFF而言，参数更多么，能不能很好的描述GO上的环氧基团呢 |
喵星大佬 发表于 2021-12-22 12:42 大佬您好，我计算RESP2（0.5）作为分子动力学模拟的原子电荷，遇到一个问题即最终的RESP2（0.5）不是整数，在gromacs里加抗衡离子无法中和掉所有电荷，具体描述在帖子http://bbs.keinsci.com/thread-27106-1-1.html#pid183643。想请教一下有解决办法吗，非常感谢 |
a9471163 发表于 2021-12-22 10:26 opls有1000多个原子类型想必是有环氧相关的 |
本帖最后由 a9471163 于 2021-12-22 10:28 编辑 喵星大佬 发表于 2021-12-22 09:55 嗯嗯，sob老师刚回复了，说都用resp2就行，我开始算了，这个体系用opls-aa效果很好，配个resp2，初步用opls-aa试算（没加电荷的时候），没发现像gaff力场下面的那种环氧基多的区域变形成四面体的问题 |
a9471163 发表于 2021-12-22 09:53 当然是不能混用  |
a9471163 发表于 2021-12-21 17:13 那你用resp电荷就好了，你这个体系还不涉及什么包埋原子之类的，也没很多构象，各种ESP电荷应该都差不多 |
喵星大佬 发表于 2021-12-21 16:43 嗯嗯 我是做吸附的 静电势对静电吸附力影响很大的 |
a9471163 发表于 2021-12-21 16:08 用什么电荷主要看你要模拟的过程和模拟的目的 如果就以结构来说，只看着一个结构的稳定性啊之类的目的，用什么电荷区别倒是不大。这个体系的结构相对刚性，长程静电作用影响有限。所以其实在有些有机力场比如Tripos力场里面直接就没有静电项。但你要是模拟这个结构的吸附过程啊什么的电荷就有影响了，但具体多大不好说 |
本帖最后由 a9471163 于 2021-12-21 16:10 编辑 喵星大佬 发表于 2021-12-21 04:39 这是多孔生物炭，布置孔洞模型的。 太详细了大佬，我学到很多 您觉得QEq换成RESP，搭配UFF力场以后准确度能提高吗，sob老师说RESP描述静电势比QEq准，但QEq确实是UFF的原配啊我下一步打算试试oplsaa配RESP2电荷，uff力场配RESP电荷模拟这个体系，还有就是ztop拟合力场参数以后模拟，看看哪种更好 |
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