让蛋白分子在周期性水箱中居中的问题求助

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发布时间: 2021-12-15 20:56

用Amber跑了一个蛋白质带周期性水箱的分子动力学，我的蛋白质有AB两根链，正常结束之后，用cpptraj处理轨迹文件md1.mdcrd，使用的命令如下 cpptraj parm md1.prmtop trajin md1.mdcrd center:1-673 (我的蛋白质 ...

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wangxm 发表于 Post on 2021-12-17 15:14:47

sobereva 发表于 2021-12-16 15:39
让cpptraj把轨迹变成非周期性的。如果只是想观看方便，在VMD里把相邻镜像里的蛋白也显示出来亦可

好的，非常感谢老师的指导。

sobereva 发表于 Post on 2021-12-16 15:39:28

让cpptraj把轨迹变成非周期性的。如果只是想观看方便，在VMD里把相邻镜像里的蛋白也显示出来亦可

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