同一条件产生了不同溶剂数量

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发布时间: 2021-12-15 21:46

最初的蛋白溶剂化只有4万多个溶剂原子，蛋白单点突变后，同样的条件构建溶剂盒子，发现体积增大了很多，一下子到了23万多个溶剂原子，奇怪的是盒子构建的-d条件（下面这条命令中）也不起作用， gmx editconf ...

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vandenberg 发表于 Post on 2021-12-16 15:40:24

谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2021-12-16 15:34:18

vandenberg 发表于 2021-12-16 10:27
确实是多了一个莫名其妙的原子，看样子是网站建top文件的时候小分子出了点问题，
但是奇怪的是也没有报错 ...

把那个原子按照盒子矢量平移到体系中
是怎么回事VMD里作个图一看就明白

vandenberg 发表于 Post on 2021-12-16 08:21:10

喵星大佬发表于 2021-12-16 06:06
你先看看原来的gro文件里边边角角的地方有没有没删干净的水或者啥的，导致加盒子的时候在原来的基础上再加 ...

果然是大佬

厉害

喵星大佬 发表于 Post on 2021-12-16 06:06:26

你先看看原来的gro文件里边边角角的地方有没有没删干净的水或者啥的，导致加盒子的时候在原来的基础上再加了1nm

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