zjxitcc 发表于 2021-12-23 20:52
这是python库不全，python版本过低，推荐使用Anaconda Python3（免费，一键安装），可以在自己目录下安装 ...

好的，谢谢老师，

小西瓜123 发表于 2021-12-23 20:21
老师您好，我在安装学习您的mokit,请问make all的时候出现这个错误，可以忽略吗？
copying /home/admin/ ...

这是python库不全，python版本过低，推荐使用Anaconda Python3（免费，一键安装），可以在自己目录下安装。安装完python后，执行make clean清理上次编译残余文件，然后再执行make all

zjxitcc 发表于 2021-12-18 10:00
我没选，输入文件不需要手动指定活性空间，中途也不需要肉眼看，程序会自动选。我是算完后打开输出看，才 ...

老师您好，我在安装学习您的mokit,请问make all的时候出现这个错误，可以忽略吗？
copying /home/admin/renhs/MGLTools-1.5.6/lib/python2.5/site-packages/numpy/f2py/src/fortranobject.c -> /tmp/tmp3TSU0g/src.linux-x86_64-2.5
copying /home/admin/renhs/MGLTools-1.5.6/lib/python2.5/site-packages/numpy/f2py/src/fortranobject.h -> /tmp/tmp3TSU0g/src.linux-x86_64-2.5
running build_ext
error: don't know how to compile C/C++ code on platform 'posix' with 'intelem' compiler
make: *** [auto_pair] Error 1

小西瓜123 发表于 2021-12-18 09:46
谢谢老师，请问老师，mokit算cas(4,4)可以自动定位轨道，那为什么您这里选cas(4,4)呢？我后面在01下用mol ...

我没选，输入文件不需要手动指定活性空间，中途也不需要肉眼看，程序会自动选。我是算完后打开输出看，才知道是CAS(4,4)。断键、双自由基等问题里RHF不可靠，它的轨道长啥样都不稀奇，而且RHF正则轨道是离域的，可以分布在很多原子上。你可以手动算，看最后还有没有想象中的轨道，亦或是与我算的结果相符。

zjxitcc 发表于 2021-12-17 16:29
可以对部分未占据轨道做局域化，但注意：对于断键体系不宜使用RHF局域轨道，而应使用UNO轨道，轨道图像会比 ...

谢谢老师，请问老师，mokit算cas(4,4)可以自动定位轨道，那为什么您这里选cas(4,4)呢？我后面在01下用molpro算轨道的时候，占据轨道中有出现我想要的124的轨道

可以对部分未占据轨道做局域化，但注意：对于断键体系不宜使用RHF局域轨道，而应使用UNO轨道，轨道图像会比较清晰，该选什么轨道 歧义性很低。molpro里也支持用UNO轨道做CASSCF计算。如果对UNO不了解，可以看
sob老师这篇博文《CASSCF计算双自由基以及双自由基特征的计算》http://sobereva.com/264 中2.3部分；
我写的这篇《从密度矩阵产生自然轨道_实战篇（上）》

另一方面，如果使用MOKIT自动做计算，无需人为看轨道、挑轨道、交换轨道、考虑对称性等等操作，程序几分钟就可以自动算出CAS(4,4)结果，输入文件

1. %mem=8GB
   
2. %nprocshared=4
   
3. #p CASSCF/cc-pVTZ
   
4. 
   
5. mokit{}
   
6. 
   
7. 0 1
   
8. H  0.1918390000   -0.5954280000   0.6816970000
   
9. O  -0.3863930000   -0.4959760000  -0.1377740000
   
10. O  -1.3053840000    0.3639010000   0.0541870000
    
11. O   1.4920050000    0.0846620000   0.0401420000
    
12. H   1.4063430000    0.9747280000  -0.3341420000

复制代码

目录下自动就有xxx_CASSCF_NO.fch文件，里面就是CASSCF自然轨道，用GaussView或Multiwfn打开即可观看轨道等值面和轨道占据数


上图中我编辑时将1.4048与0.59548写反了，两个占据数需要对调一下，图我就不改了。若要算MRCISD+Q，只需修改一下上述输入文件即可。可以看出是两对O-O键成键和反键，虚线那对O-O处于断键/成键距离上，与H原子关系很小，与你所描述的反应过程不一致（不一定是你算的结构不对，也有可能是协同异步反应，此时H原子还没开始动）。