求助扩散系数模拟的准确性问题

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发布时间: 2021-12-17 17:13

各位老师好，我之前用gromacs模拟了很多直链烷烃混合物体系，现在我能直接从其中3ns的NPT过程中提取体系的扩散系数吗？模拟过程中MSD-t曲线基本上是下面这个形状，我取的是900-2100ps的区间拟合扩散系数，出来的 ...

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sobereva 发表于 Post on 2021-12-20 21:22:25

fwan1006 发表于 2021-12-20 20:59
谢谢老师！想再问一下，模拟扩散系数选什么控温器有说法吗？我现在用v-rescal做NVT模拟，出来的结果和 ...

总是使用V-rescale就完了

不要指望NH会有更好结果。误差从别的地方考虑

fwan1006 发表于 Post on 2021-12-20 20:59:14

sobereva 发表于 2021-12-18 22:28
此类体系MSD的计算用GROMACS是首选

没具体细节没法说，别人更没法告诉你怎么改进。别人都不知道你的体系 ...

谢谢老师！想再问一下，模拟扩散系数选什么控温器有说法吗？我现在用v-rescal做NVT模拟，出来的结果和实验值还是有一定差距，是不是该用nose-hoover呢？

fwan1006 发表于 Post on 2021-12-20 20:57:43

Lacrimosa 发表于 2021-12-18 12:25
先用NPT跑平衡，再换NVT算扩散系数比较好，模拟时间尽量长一点。也有很多文章里通过改变体系大小（盒子尺寸 ...

谢谢您，我做了3ns的NVT模拟，它在整个模拟过程中都呈现比较良好的了线性，这个模拟时间上应该足够了吧？但是模拟结果相比于实验值还是有一定的差距。我想再请问一下这和我用的控温器关系大吗？我用的是V-rescal，是不是该改用nose-hoover呢？

sobereva 发表于 Post on 2021-12-18 22:28:46

此类体系MSD的计算用GROMACS是首选

没具体细节没法说，别人更没法告诉你怎么改进。别人都不知道你的体系建模合不合理、用的什么参数、模拟用的什么设置。以如今的计算条件，MD完全可以跑得更长。如上面所述，建议盒子平衡后改为NVT

Lacrimosa 发表于 Post on 2021-12-18 12:25:40

先用NPT跑平衡，再换NVT算扩散系数比较好，模拟时间尽量长一点。也有很多文章里通过改变体系大小（盒子尺寸L）对D-（1/L）作图外推出扩散系数的，也可以尝试

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