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求助氢分子建模进行NPT时角度超过了30度

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风起于夏

发布时间: 2021-12-18 16:42

正文摘要:

各位大佬，我是个新手，在建氢分子模型时进行NPT时总是报错。我是采用了54a7力场，虚拟位点构建的氢分子，在进行NPT时会显示转角超过了30度，更改为90度，也还是不行，想知道氢分子为什么会有转角，有没有做过氢气 ...

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风起于夏 发表于 Post on 2021-12-20 19:26:04

sobereva 发表于 2021-12-20 18:07
这种气体根本不适合NPT，盒子波动会超级剧烈，不要和计算液体的情况等同视之
应当通过NVT模拟时设定的不 ...

好的，感谢sob老师您的回复

sobereva 发表于 Post on 2021-12-20 18:07:27

风起于夏发表于 2021-12-19 22:39
sob老师，我还想问一下，师兄在教我的时候说是做了NVT后还要做NPT，NVT是负责改变盒子中分子的位置不改变 ...

这种气体根本不适合NPT，盒子波动会超级剧烈，不要和计算液体的情况等同视之
应当通过NVT模拟时设定的不同的盒子体积来控制当前模拟对应的平均压力

风起于夏 发表于 Post on 2021-12-19 22:39:08

sobereva 发表于 2021-12-19 18:19
DispCorr都是次要的，先用NVT再说，不要避重就轻。NVT能跑就没事，本来就不该用NPT

sob老师，我还想问一下，师兄在教我的时候说是做了NVT后还要做NPT，NVT是负责改变盒子中分子的位置不改变盒子大小，NPT才是对盒子进行压缩，我如果只进行NVT的话如何才能得到不同压强下氢气的密度。

风起于夏 发表于 Post on 2021-12-19 22:29:03

sobereva 发表于 2021-12-19 18:19
DispCorr都是次要的，先用NVT再说，不要避重就轻。NVT能跑就没事，本来就不该用NPT

好的sob老师

sobereva 发表于 Post on 2021-12-19 18:19:26

风起于夏发表于 2021-12-19 11:44
sob老师，很感谢您的回复，我是做氢气穿透高密度聚乙烯的模拟，现在是给氢气建模想要模拟出不同压强下氢 ...

DispCorr都是次要的，先用NVT再说，不要避重就轻。NVT能跑就没事，本来就不该用NPT

风起于夏 发表于 Post on 2021-12-19 11:44:57

sobereva 发表于 2021-12-18 22:49
做的是NPT，为何传nvt.mdp？NVT模拟是什么情况？
本来这种体系就应当用NVT跑
盒子绝大部分都是空的，绝对 ...

sob老师，很感谢您的回复，我是做氢气穿透高密度聚乙烯的模拟，现在是给氢气建模想要模拟出不同压强下氢气的密度。我想的是NVT在进行NPT后查看氢气密度，然后在进行后面的穿透聚乙烯的模拟。
然后我根据sob老师您说的将DispCorr =EnerPres修改为no和Ener后还是显示角度超过了90度。

sobereva 发表于 Post on 2021-12-18 22:49:38

做的是NPT，为何传nvt.mdp？NVT模拟是什么情况？
本来这种体系就应当用NVT跑
盒子绝大部分都是空的，绝对不能用DispCorr = EnerPres

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