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求助：多肽高温MD（分子动力学）后两个氨基酸之间出现不规则化学键

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jiaxing6821

发布时间: 2021-12-21 10:44

正文摘要:

本帖最后由 jiaxing6821 于 2021-12-21 10:45 编辑请问各位老师，本人将一条有结构的多肽链升温至600k欲将其跑至无序状态，在进行了20nsMD后，多肽已呈现无序结构，但VMD结果显示有两个残基间出现不规则化学键， ...

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jiaxing6821 发表于 Post on 2021-12-27 19:31:30

sobereva 发表于 2021-12-27 16:37
没什么问题，不用管

好的，谢谢Sob老师！

sobereva 发表于 Post on 2021-12-27 16:37:44

jiaxing6821 发表于 2021-12-27 10:29
Sob老师，是这样的情况

没什么问题，不用管

sobereva 发表于 Post on 2021-12-26 00:00:13

jiaxing6821 发表于 2021-12-25 22:53
Sob老师，在搭建体系时和动力学模拟后第一帧都出现了这个情况，请问影响模拟结果吗？

看不清楚。用licorice方式显示，看看和相邻氨基酸之间的成键方式有没有问题，结构有无异常的扭曲

sobereva 发表于 Post on 2021-12-24 02:06:34

jiaxing6821 发表于 2021-12-21 20:19
我是跑完MD模拟后出现这个情况，搭体系的时候没有出现您说的这个提示，请问是因为我的高温让蛋白的那个氨 ...

不把截图发出来根本没法判断是怎么回事
仔细看模拟轨迹，判断结构是怎么变化的，什么原因导致的自然能估计出来

jiaxing6821 发表于 Post on 2021-12-21 20:19:43

牧生发表于 2021-12-21 14:04
你在gmx grompp这一步，有没有出现了一个提示，比如这样的
Warning: atom name XXX in topol.top and XXXX ...

我是跑完MD模拟后出现这个情况，搭体系的时候没有出现您说的这个提示，请问是因为我的高温让蛋白的那个氨基酸跑散了吗？那我应该怎么补救呢？十分感谢您在百忙抽出时间的耐心解答！祝您冬至快乐！

牧生 发表于 Post on 2021-12-21 14:04:56

你在gmx grompp这一步，有没有出现了一个提示，比如这样的
Warning: atom name XXX in topol.top and XXXX.gro does not match (XXXX - XXX)
如果有这个，就用文本编辑软件打开gro文件，找到residue 378和378，看一下和.top中出现的顺序是否一致。

我以前也犯过相似的错误，参考第6楼和9楼，解决了。
http://bbs.keinsci.com/thread-24586-1-1.html

jiaxing6821 发表于 Post on 2021-12-21 13:55:40

牧生发表于 2021-12-21 13:41
99%概率是因为.top和.gro文件中，物质出现的顺序不一致造成的。

那请问要怎么纠正这个问题呢？

牧生 发表于 Post on 2021-12-21 13:41:43

99%概率是因为.top和.gro文件中，物质出现的顺序不一致造成的。

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