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求助:FOD结果分析(关于多参考特征)

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发布时间: 2021-12-21 17:40

正文摘要:

我在计算一个镍配合物催化的有机反应机理,镍的配位数为3~6,都是开壳层。 根据前面@wzkchem5 等老师的建议,用ORCA 5.0.1计算了几个典型结构的FOD,镍的价态涵盖了I、II、III,计算FOD的关键词用的是默认的(只写! ...

回复 Reply

liuhe 发表于 Post on 2024-3-5 14:01:06
请问win系统下的orca5.0.4算FOD,input怎样写才能作出FOD图
根据orca论坛里谈论的,写入命令:
%plots
     Format Gaussian_Cube ElDens ("FODPLOT.cube"); end
没得出想要结果,%plots block应该怎么写才能导出数据作FOD图,谢谢老师们。
火星哥 发表于 Post on 2024-1-25 14:40:44
您好请问算完FOD怎么看FOD plots呀?
九曜 发表于 Post on 2023-11-14 21:25:44
wzkchem5 发表于 2023-11-14 20:50
对,比如把一个分子复制两份,放在距离彼此很远的地方,让两者自旋平行,算总体系,N(FOD)会变成两倍,但 ...

明白了,感谢~
wzkchem5 发表于 Post on 2023-11-14 20:50:42
九曜 发表于 2023-11-14 13:44
请问不具有size-consistent是什么意思呢,是指分子越大,N(FOD)可能会越大么。

对,比如把一个分子复制两份,放在距离彼此很远的地方,让两者自旋平行,算总体系,N(FOD)会变成两倍,但实际上多参考特征和单分子一样强。但是又不能把N(FOD)除以原子数/电子数/基函数数目来代表多参考特征,要不然我在一个有多参考特征的分子上面加越来越长的烷基链,多参考特征越来越小、趋于0,还是不对。
九曜 发表于 Post on 2023-11-14 20:44:18
wzkchem5 发表于 2022-1-26 16:22
不要看N(FOD)(因为它不size-consistent),要看FOD图的形状。如果某个局部的FOD特别大,就是有多参考态 ...

请问不具有size-consistent是什么意思呢,是指分子越大,N(FOD)可能会越大么。
ABQTrap 发表于 Post on 2022-1-26 17:07:56
wzkchem5 发表于 2022-1-26 16:22
不要看N(FOD)(因为它不size-consistent),要看FOD图的形状。如果某个局部的FOD特别大,就是有多参考态 ...

谢谢 wzkchem5 老师!
wzkchem5 发表于 Post on 2022-1-26 16:22:49
本帖最后由 wzkchem5 于 2023-11-14 13:51 编辑
ABQTrap 发表于 2022-1-26 04:36
请问N(FOD)或者轨道占据数一般多大可以认为有多参考态特征?对于量化小白,Grimme的文献比较难懂

不要抛开体系大小只看N(FOD)(因为它不size-consistent),要看FOD图的形状。如果某个局部的FOD特别大,就是有多参考态特征。具体多大算大,参考Grimme的原文献
wzkchem5 发表于 Post on 2022-1-26 16:21:37
ABQTrap 发表于 2022-1-26 03:04
您好!我用orca 5.0.1版本计算FOD后,想用orca_plot产生cube文件,该过程中提示输入包含电子密度的scfp文件 ...

从ORCA 5.0开始,*.scfp不是一个文件名,而是*.densities这个文件里的一个标签。输入scfp文件名以后,程序会在*.densities里找这个文件名对应的标签,然后读它后面的密度信息
冰释之川 发表于 Post on 2022-1-26 11:44:41
本帖最后由 冰释之川 于 2022-1-26 11:47 编辑

为啥不做个T1诊断(可能跑不动)?
ABQTrap 发表于 Post on 2022-1-26 11:36:46
wzkchem5 发表于 2021-12-21 17:56
可以对照FOD的原始文献 DOI: 10.1002/anie.201501887 里的图来看,确定这些结果算不算多参考性强的体系。另 ...

请问N(FOD)或者轨道占据数一般多大可以认为有多参考态特征?对于量化小白,Grimme的文献比较难懂
ABQTrap 发表于 Post on 2022-1-26 10:04:49
您好!我用orca 5.0.1版本计算FOD后,想用orca_plot产生cube文件,该过程中提示输入包含电子密度的scfp文件名,但是FOD计算后的文件里面没有scfp文件,output文件里面显示"density *.scfp was updated",但是其实根本没有这个scfp文件,是bug吗?看了orca论坛上,好像有人提问相同的问题但是没有回答清楚。
请问您计算中遇到这个问题了吗?如何解决?谢谢!
喵星大佬 发表于 Post on 2021-12-22 20:19:52
霜晨月 发表于 2021-12-22 19:29
您的意思是三配位和五配位结构不稳定吗?
反应溶剂是苯,应该不能配位

除了溶剂,包括另一个原料,水,抗衡离子,加的添加剂等等都有可能,过渡金属催化一定要注意配位数,在弱极性溶剂里避免出现有净电荷的物种
霜晨月 发表于 Post on 2021-12-22 19:29:50
喵星大佬 发表于 2021-12-22 14:18
注意一下有没有需要补一下显式溶剂的,1,3两个是不是需要补一个显式溶剂配位或者啥的

您的意思是三配位和五配位结构不稳定吗?
反应溶剂是苯,应该不能配位
喵星大佬 发表于 Post on 2021-12-22 14:18:04
注意一下有没有需要补一下显式溶剂的,1,3两个是不是需要补一个显式溶剂配位或者啥的

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