求助：gromacs跑完npt以后盒子出现空洞

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发布时间: 2021-12-21 20:58

本帖最后由王珑霏于 2021-12-22 16:00 编辑跑完nvt以后体系是正常的，但是跑完npt以后盒子变大且出现了空洞，前两张图片是nvt之后的，最后一张是npt之后的，附上使用的npt.mdp,会跟两片材料之间的距离有关系吗 ...

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海鸥 发表于 Post on 2024-1-18 12:34:49

zaqxs234 发表于 2021-12-22 21:33
建议 Z轴方向的ref_p压力1bar改成100bar试试，还有NPT的时间有点短，看看输出文件edr导出密度是否已经稳定

你好，我想请问一下z方向改为100bar是先让他在100bar下跑一段时间npt，后面再改为1bar吗

zaqxs234 发表于 Post on 2021-12-22 21:33:48

建议 Z轴方向的ref_p压力1bar改成100bar试试，还有NPT的时间有点短，看看输出文件edr导出密度是否已经稳定

sobereva 发表于 Post on 2021-12-22 01:16:58

信息不充分
NVT跑完了是什么样（截图）、当前盒子是什么样（画出边框）、体系XYZ方向各是哪个，等等
什么都不交代谁也没法回复

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