计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 第一性原理 (First-principles) › 请问如何建立文献中的溶液模型

请问如何建立文献中的溶液模型

查看数: 3251 | 评论数: 6 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

kcd

发布时间: 2021-12-23 10:17

正文摘要:

请问如何建立图中的模型呀，尝试了建立晶胞，然后直接把分子复制进去，但是跑AIMD的时候有些分子就散架了。

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2021-12-24 13:01:57

kcd 发表于 2021-12-24 09:17
感谢社长，我有一个疑问，将pockmol生成的pdb文件拉入multiwfn,生成inp文件后，cp2k运行报错 CPASSERT fa ...

必须用最新版Multiwfn

sobereva 发表于 Post on 2021-12-24 12:59:49

kcd 发表于 2021-12-24 09:17
感谢社长，我有一个疑问，将pockmol生成的pdb文件拉入multiwfn,生成inp文件后，cp2k运行报错 CPASSERT fa ...

packmol
Multiwfn
先从拼对程序名做起

kcd 发表于 Post on 2021-12-24 09:17:43

sobereva 发表于 2021-12-23 14:06
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-1254 ...

感谢社长，我有一个疑问，将pockmol生成的pdb文件拉入multiwfn,生成inp文件后，cp2k运行报错 CPASSERT failed（qs_mo_types.F:290），将pdb文件放入MS再建立晶胞导出cif后，重新使用wultiwfn生成的inp文件就能正常运行了，前后的文件只有原子坐标&COORD &END COORD这部分坐标略有区别，其余部分完全一致，请问是packmol生成的文件有问题吗？

sobereva 发表于 Post on 2021-12-23 14:06:59

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

kcd 发表于 Post on 2021-12-23 10:25:12

waitingseven 发表于 2021-12-23 10:21
可以用packmol，http://leandro.iqm.unicamp.br/m3g/packmol/home.shtml

好的，非常感谢，我去试试。

waitingseven 发表于 Post on 2021-12-23 10:21:34

可以用packmol，http://leandro.iqm.unicamp.br/m3g/packmol/home.shtml

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register