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ligpargen在线工具生成拓扑文件时出错

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a9471163

发布时间: 2021-12-25 13:26

正文摘要:

本帖最后由 a9471163 于 2021-12-25 13:44 编辑各位老师，原子数有156个，用ligpargen生成拓扑时，可以提交文件计算，但计算一会儿网页就提示错误（如图1），如果用了梯子，则也有错误，错误是图2，总之是得不到 ...

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a9471163 发表于 Post on 2021-12-25 20:36:23

sobereva 发表于 2021-12-25 19:05
尝试tppmktop，下文说了
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.k ...

好的，感谢sob老师，tppmktop只有在线版么，这个我蹲守了一天了轮不到我跑计算，一直有人在用服务器。我试试acpype

sobereva 发表于 Post on 2021-12-25 19:05:43

尝试tppmktop，下文说了
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

也可尝试acpype。其产生OPLS-AA力场的拓扑文件只是试验性的，注意自行检查指认的原子类型对不对

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