你好，关于你提到的sob转换拓扑文件的方法，你是用的哪一种？sobtop吗？具体生成氧化石墨烯的拓扑文件，是怎么步骤？希望能不吝赐教

a9471163 发表于 2021-12-27 09:07
感谢您的提醒，我之前没往这方面想，我现在上传了初始结构，即285-7.mol2，该结构没有原子重叠，是用于生 ...

拓扑文件里又没有原子坐标。。。。。看的是你的gro文件

喵星大佬 发表于 2021-12-27 01:03
都告诉你了原子重叠力无穷大了，仔细检查文件确认原子重叠

感谢您的提醒，我之前没往这方面想，我现在上传了初始结构，即285-7.mol2，该结构没有原子重叠，是用于生成拓扑的初始文件。

请问是否可以认为，cgenff官方服务器不能正确判断初始结构，导致生成的拓扑出现原子重叠，想模拟初始结构必须更换力场？

另外同样是氧化石墨烯，用mktop试图生成opls-aa的力场模拟，结果mktop卡住不计算（详情请跳转到另一帖），想请教一下大佬能否为解决mktop卡住支支招，非常感谢，
http://bbs.keinsci.com/thread-27118-1-1.html

ligpargen是超过原子数了不能用，mktop计算卡住，TPPmktop是一直在排队轮不到我用，acpype生成的GAFF是描述环氧官能团不准确，模拟时结构变形厉害，最后崩溃，acpype生成的OPLS-AA我看了是缺参数，有很多原子参数是写成了opls-x，我自己手动补这些参数也很难，因为原子数太多了。cgenff产生的拓扑是让原子重叠。氧化石墨烯看似简单，但我却模拟到几乎山穷水尽的地步。

都告诉你了原子重叠力无穷大了，仔细检查文件确认原子重叠