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CGenFF力场模拟有机小分子双酚A，报错提示bond参数超过范围

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a9471163

发布时间: 2021-12-27 14:53

正文摘要:

本帖最后由 a9471163 于 2021-12-27 16:50 编辑各位老师，当我准备做能量最小化，运行gmx grompp -f en.mdp -c system.gro -p topol.top -o em.tpr 时，提示报错，报错内容如图。模拟时所用的文件已经打包上传 ...

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lyj714 发表于 Post on 2021-12-28 13:25:28

a9471163 发表于 2021-12-28 12:53
谢谢提醒，蓝色球是钠离子，C-H-H应该是CGenFF官方工具给我生成的拓扑有误，把氧原子判断成氢原子了。话 ...

你用法严重错误，cgenff那个脚本本来输入的mol2文件中的[MOLECULE]部分本来就不要乱命名，一般就三个字符，如gmx的那个cgenff教程中的jz4，因为这个部分的名称就会当做输出pdb和itp的残基名称。像你这种structure，Molecule Name这种乱七八糟的不出错才怪。
第二，元素名称问题，我严重怀疑的￥MS这的软件的锅，我就遇到过多次的，￥MS输出的pdb原子名称和最后一列的元素名称完全不一致，就是O和H的这种bug。我怀疑你的很可能就是这种情况，请检查￥MS输出的pdb内容

喵星大佬 发表于 Post on 2021-12-28 10:58:45

本帖最后由喵星大佬于 2021-12-28 11:00 编辑

a9471163 发表于 2021-12-28 10:39
好嘞，感谢~我这边有CGenFF力场模拟O/C=0.6（这个比例高于一般文献做的GO）的GO的结果，确实不像gaff力场 ...

当然不能接受，先尝试调整初始构型，保证不会出现一个C的4个键指向同一方向，然后再看

不行的话可以用UFF

而且你这周围飞行的蓝色球体是什么玩意，再就是末端出现了C-H-H的结构，肯定生成拓扑文件不对

喵星大佬 发表于 Post on 2021-12-28 10:35:13

a9471163 发表于 2021-12-28 10:32
嗯嗯，谢谢您，那用CGenFF力场模拟凝聚相体系可以么，应该是没问题吧，我看到有人在用CGenFF模拟GO跟小分 ...

可以

喵星大佬 发表于 Post on 2021-12-27 22:50:04

本帖最后由喵星大佬于 2021-12-27 23:59 编辑

a9471163 发表于 2021-12-27 21:52
感谢大佬，想请教一下MMFF力场的拓扑生成工具除了SwissParam还有没有可以供gromacs使用的呢，sob老师说Sw ...

别用那个，类似MM系列，MMFF94系列这些高精度有机力场适合孤立体系，单分子这些类型模拟，根本不适合凝聚相模拟

Gromacs也不支持，一定要用可以用Tinker，内置有参数

a9471163 发表于 Post on 2021-12-27 21:52:06

喵星大佬发表于 2021-12-27 19:34
去charmm-gui生成力场，不要用那个CGenFF

感谢大佬，想请教一下MMFF力场的拓扑生成工具除了SwissParam还有没有可以供gromacs使用的呢，sob老师说SwissParam能用但参数比较粗糙

喵星大佬 发表于 Post on 2021-12-27 19:34:27

去charmm-gui生成力场，不要用那个CGenFF

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