求助：gromacs步长的问题

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发布时间: 2021-12-28 10:46

请教各位老师一个基础问题，请问我这个 mdp文件里面设置的步长是1fs一步，那计算得到的轨迹每一帧的步长是多少呢？不知道那个500和1000是代表什么含义？

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sobereva 发表于 Post on 2021-12-29 02:44:12

邱美佳发表于 2021-12-28 11:14
谢谢您的答复，还有一个问题，请问nstxout,nstvout,nstfout是表示位移，速度和力吗？如果没有写就是这些 ...

分别设置坐标、速度、力保存的步数间隔。没设的就不输出，如果三个都没设或者都设为0（默认），trr就根本不输出了
这三个跟xtc毫无关系。xtc只能记录坐标，而且是由nstxout-compressed来设置

喵星大佬 发表于 Post on 2021-12-28 11:27:33

看手册的默认值，我也不记得了，不写就是默认值

邱美佳 发表于 Post on 2021-12-28 11:14:54

喵星大佬发表于 2021-12-28 10:56
那两个500是记录进trr文件的频率，1000说是轨迹记录进xtc文件的频率，所以如果看trr文件一帧是500fs看xtc文 ...

谢谢您的答复，还有一个问题，请问nstxout,nstvout,nstfout是表示位移，速度和力吗？如果没有写就是这些量不会在xtc和trr中保存出来是吗？

喵星大佬 发表于 Post on 2021-12-28 10:56:51

那两个500是记录进trr文件的频率，1000说是轨迹记录进xtc文件的频率，所以如果看trr文件一帧是500fs看xtc文件每帧是1ps

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