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在势垒计算的时候BSSE如何考虑

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发布时间: 2021-12-29 11:44

正文摘要:

本帖最后由 radical 于 2021-12-29 21:59 编辑 计算过渡态与PRC的势垒的时候发现势垒是负值,约为-0.5kcal,看了sob老师的帖子http://sobereva.com/46后,了解可能是由于BSSE的干扰,但现在不知道,要计算的是反应 ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-1-1 23:53:16
radical 发表于 2022-1-1 17:34
老师,我用的高斯是09c没法算色散,直接拿老师您说的方法做单点能,势垒变成46千卡,感觉变化太大了,我 ...

“09c没法算色散”大错特错
M06-2X、wB97XD等泛函都能不错地描述色散作用
仔细看此文
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
不要把是否支持DFT-D3视为程序能否计算明显涉及色散作用的问题
radical 发表于 Post on 2022-1-1 17:34:45
sobereva 发表于 2021-12-30 00:17
优化加上DFT-D3校正,然后单点用M06-2X/def2-QZVPP计算再求势垒看什么情况
当前级别对于算能量太low
跟BS ...

老师,我用的高斯是09c没法算色散,直接拿老师您说的方法做单点能,势垒变成46千卡,感觉变化太大了,我又拿同样的方法算了一下进攻N位的势垒,和原先用B3LYP只差1千卡,不知道是咋回事
sobereva 发表于 Post on 2021-12-30 16:41:06
radical 发表于 2021-12-30 16:26
谢谢sob老师,对PRC做RDG后,看到自由基与苯环上的碳相互作用主要是氢键,对这个PRC加上DFT-D3重新优化, ...

D3显然要加就都加
radical 发表于 Post on 2021-12-30 16:26:33
sobereva 发表于 2021-12-30 00:17
优化加上DFT-D3校正,然后单点用M06-2X/def2-QZVPP计算再求势垒看什么情况
当前级别对于算能量太low
跟BS ...

谢谢sob老师,对PRC做RDG后,看到自由基与苯环上的碳相互作用主要是氢键,对这个PRC加上DFT-D3重新优化,但对于过渡态需要加DFT-D3重新找吗
scf 发表于 Post on 2021-12-30 07:12:27
本帖最后由 scf 于 2021-12-30 07:36 编辑

扫一下IRC看看吧,从原理上说过渡态应该处于IRC曲线的电子能量的最高点,而且应该和BSSE无关,因为正常情况下即使有BSSE势能面也是比较平滑的。PRC的电子能量高于TS,我觉得可能是找的TS和PRC并不在一个IRC上。键线式的PRC似乎是一个van der Waals complex, 但目测球棍图的C-H已经偏离平衡位置很多了。

在不描述清楚体系的情况下回答问题倒也有可能,比如为什么MIT不用SICP当教材
https://stereobooster.com/posts/ ... -and-closed-source/
Sussman pointed out that engineers now routinely write code for complicated hardware that they don’t fully understand (and often can’t understand because of trade secrecy.)

sobereva 发表于 Post on 2021-12-30 00:17:01
优化加上DFT-D3校正,然后单点用M06-2X/def2-QZVPP计算再求势垒看什么情况
当前级别对于算能量太low
跟BSSE没直接关系
radical 发表于 Post on 2021-12-29 22:00:21
sobereva 发表于 2021-12-29 19:37
把具体情况交代清楚,反应式画出来,当前用的关键词全都贴出来

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题 ...

明白了,sob老师,已经修改过了
sobereva 发表于 Post on 2021-12-29 19:37:45
把具体情况交代清楚,反应式画出来,当前用的关键词全都贴出来

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

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