如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“Lammps 真空体系下，石墨烯板吸附有机物”改了，以后务必注意

二者之间只有很弱的物理吸附，温度不很低的情况下由于热运动来回波动是很正常的事情。
把温度设低了模拟再看看

实验上是在真空里做的实验吗？如果是在溶剂里做的，必须加溶剂。如果确实是在真空里做的，实验上的吸附覆盖度有多少？如果不是远小于一个分子层的话，计算的时候要加不止一个苯丙氨酸分子