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使用GMX+CPK2跑QM/MM模拟，在生成GMX-cpk2模拟文件时，报原子没有QMMM原子序数错误。

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yjb

发布时间: 2021-12-31 13:56

正文摘要:

使用GMX+CPK2跑QM/MM模拟，在生成GMX-cpk2模拟文件时，报原子没有QMMM原子序数错误。请问各位大神这个错误主要是怎么产生的，如何解决？错误如下： [jby@localhost test_water]$ gmx grompp -f md-qmmm.mdp -p ...

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大村驴 发表于 Post on 2025-2-9 17:32:46

函数与激情发表于 2022-11-26 22:57
Atoms 0 does not have atomic number needed for QMMM. Check atomtypes section
in you topology or for ...

有可能是你所用的原子类型问题，可以检查系统中第一个原子的原子类型，如果是gaff类型的，CP2K不认识，得用Amber类型

函数与激情 发表于 Post on 2022-11-27 14:32:30

yjb 发表于 2022-11-27 13:40
哈喽，这个问题当时我好像是手动修改了top文件的信息，自己手动加入了link atoms信息。之后就没有继续使 ...

酱紫我来试试看十分感谢！

yjb 发表于 Post on 2022-11-27 13:40:39

函数与激情发表于 2022-11-26 22:57
Atoms 0 does not have atomic number needed for QMMM. Check atomtypes section
in you topology or for ...

哈喽，这个问题当时我好像是手动修改了top文件的信息，自己手动加入了link atoms信息。之后就没有继续使用gmx+cp2k了，改用纯cp2k了

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函数与激情 发表于 Post on 2022-11-26 22:57:13

Atoms 0 does not have atomic number needed for QMMM. Check atomtypes section
in you topology or forcefield.

hello, 我也遇到了同样的问题，请问你解决了吗？看不懂这个atom 0 表示啥意思。感觉可能是力场的原因，但是单独用gmx却可以打包成功。。。

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