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生成带Br原子的小分子力场如何解决？

查看数: 5398 | 评论数: 1 | 收藏 Add to favorites 1

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发布时间: 2022-1-5 14:50

正文摘要:

用gromacs charmm36力场进行小分子的模拟，利用charmm-gui中的Ligand Reader & Modeler模块进行生成力场，这里示例建模了一个带Br原子的小分子，生成的力场文件不全，本应该包含charmm36.itp，LIG.itp，psf2itp_li ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-1-29 23:08:28

用sobtop (http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生GAFF力场的拓扑文件就完了，这是最佳做法

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