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OpenMolcas中读取轨道问题及Cholesky和COPY关键词的使用

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Yin
发布时间: 2022-1-5 15:26

正文摘要:

大家好。我在用OpenMolcas计算的时候遇到3个问题想请教一下大家,已经困扰我一段时间了,所以想求助一下大家。 1.我首先用SA-CASSCF方法优化基态的结构(输入文件如下所示);接着基于优化好的结构用MS-CASPT2方法 ...

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beefly 发表于 Post on 2024-5-3 10:18:15
ABQTrap 发表于 2024-5-3 08:55
老师,请问如何打开jobiph文件呢?直接双击不能打开,提示是二进制文件之类的信息。谢谢

jobiph是二进制文件,需要用专门的工具进行相互转化(类似于gaussian的chk和fchk),工具默认不编译,需要在cmake时加上参数-DTOOLS=ON。

另外,molcas官方目前主推h5数据格式,jobiph格式将来会被替代,因此缺少维护。主要存在两个问题,大概至今也没有彻底解决:

1. 如果做多步rasscf计算,并且活性空间发生了变化,那么jobiph会被破坏
2. molcas 8.0以后的jobiph文件增加了一些内容,但是转化工具没有更新,如果转化报错(依赖于molcas版本),需要参照保存jobiph文件的molcas源代码,把缺少的内容补充到转化工具里。

要避免上述问题,建议用rasorb(已经是格式化的文本文件),或者用h5

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ABQTrap 发表于 Post on 2024-5-3 08:55:44
lijingbai2009 发表于 2022-5-11 01:46
1. RasOrb是平均化的轨道,RasOrb.1是基态的轨道,用那个影响不大,因为都要先通过CASSCF收敛后通过内部文 ...

老师,请问如何打开jobiph文件呢?直接双击不能打开,提示是二进制文件之类的信息。谢谢
Yin 发表于 Post on 2022-5-11 11:15:07
lijingbai2009 发表于 2022-5-11 01:46
1. RasOrb是平均化的轨道,RasOrb.1是基态的轨道,用那个影响不大,因为都要先通过CASSCF收敛后通过内部文 ...

好的,非常感谢哈~
Yin 发表于 Post on 2022-5-11 11:14:41
好的,非常感谢哈~
lijingbai2009 发表于 Post on 2022-5-11 01:46:28
1. RasOrb是平均化的轨道,RasOrb.1是基态的轨道,用那个影响不大,因为都要先通过CASSCF收敛后通过内部文件JobIPh(记不太清了)传送到CASPT2计算。

2. 建议使用RICD,cholesky是老版本的关键词。Molcas的主要问题是并行效率不高,通常都是跑单核。。。而且如果使用服务器计算的话,建议把任务拷贝到本地机器的文件夹运行。像在SLURM的/scratch里跑,稍大点梯度的计算就有很大延迟。

3. COPY 和命令行的cp差不多。说明书里有的是特殊用法,比如保存之前计算好的不同自旋的轨道文件,然后计算旋轨耦合常数,有的只是为了保存一下轨道文件。JobIPH和RasOrb区别在于JobIPH包含CI coefficient而RasOrb只有MO coefficient。所以JobIPH理论上收敛更快,重复性更好。

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