请教关于如何统计每一个残基和全部水的氢键数量

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发布时间: 2022-1-6 11:01

本帖最后由 Aristotler 于 2022-1-6 11:04 编辑各位老师，同学大家好。在下使用gmx analyze -f hbnum.xvg 分析每一个SO42-和全部水的氢键数的数量平均等于12，违背常理。（该分析并不是分析全部SO42-和水氢键数 ...

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Aristotler 发表于 Post on 2022-1-6 11:14:25

sobereva 发表于 2022-1-6 11:10
建议你在VMD里用Hbonds显示方式把这个硫酸根和周围的水的氢键显示出来，注意把阈值调成和gmx hbond默认的一 ...

谢谢老师，我执行一下

sobereva 发表于 Post on 2022-1-6 11:10:51

建议你在VMD里用Hbonds显示方式把这个硫酸根和周围的水的氢键显示出来，注意把阈值调成和gmx hbond默认的一样（此时VMD键角阈值是43度），肉眼一看便知怎么回事

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