计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 求助：polymatic工具中使用并行版lammps报错

求助：polymatic工具中使用并行版lammps报错

查看数: 4380 | 评论数: 7 | 收藏 Add to favorites 1

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

hymn

发布时间: 2022-1-6 21:03

正文摘要:

在使用polymatic进行交联时，调用并行版本的lammps，运行中出现了application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 1 错误，请问各位老师这要如何解决呢，谢谢大家

回复 Reply

294459463 发表于 Post on 2025-3-25 20:27:01

yycpolymer 发表于 2023-3-1 14:58
您能详细说一下该如何自定义么，通过修改力场文件？

您好，请问调用python的时候是用python2进行运算的嘛？如何安装python2呢？

yycpolymer 发表于 Post on 2023-3-1 14:58:26

您能详细说一下该如何自定义么，通过修改力场文件？

hymn 发表于 Post on 2023-2-16 09:32:40

可以成型聚合物，你可以尝试将连接前后原子的名称自定义一下。

yycpolymer 发表于 Post on 2023-2-8 18:31:49

好的，感谢楼主，问题已经解决了，但是还有个问题，polymatic可以交联加成型聚合物吗，定义连接原子时能否同一种原子类型，我试了下无法运行

hymn 发表于 Post on 2023-1-12 14:43:20

yycpolymer 发表于 2022-12-27 18:46
请问您是怎么使用的polymatic的呢，没太用明白，运行例子的时候报错：Can't locate Polymatic.pm in @INC ( ...

你需要把perl脚本中的use lib '/path/to/polymatic/module' 引号中的地址改为Polymatic.pm的地址

yycpolymer 发表于 Post on 2022-12-27 18:46:44

请问您是怎么使用的polymatic的呢，没太用明白，运行例子的时候报错：Can't locate Polymatic.pm in @INC (you may need to install the Polymatic module) (@INC contains: /path/to/polymatic/module /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.34.0 /usr/local/share/perl/5.34.0 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.34 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl-base /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.34 /usr/share/perl/5.34 /usr/local/lib/site_perl) at ./polym.pl line 55.
BEGIN failed--compilation aborted at ./polym.pl line 55. 您能帮助我一下嘛? 谢谢你了

hymn 发表于 Post on 2022-2-24 09:16:17

发现是lammps运行报错

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register