求助轨迹中双链蛋白分离，并越过盒子

查看数: 3618 | 评论数: 6 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2022-1-7 15:06

请教各位老师，双链蛋白的模拟，在equil过程中发生了越过盒子，分离的现象，但未能提前发现。直接做了MD。在MD过程中虽然设置消除了平动转动，但轨迹依然是越过盒子了。尝试用manual上的方法（如下），并不work！ ...

回复 Reply

Alpaca 发表于 Post on 2023-3-31 13:53:44

请问楼主解决了吗？这个问题

Alpaca 发表于 Post on 2023-3-31 13:42:22

本帖最后由 Alpaca 于 2023-3-31 13:56 编辑

chenbq18 发表于 Post on 2022-1-8 10:40:33

sobereva 发表于 2022-1-8 10:08
我不知道你怎么定义的组
搞清楚-pbc cluster的用处和用法，结合实际情况判断怎么回事

把两条链所有的残基定义成一个组，是这个问题吗

sobereva 发表于 Post on 2022-1-8 10:08:42

chenbq18 发表于 2022-1-8 09:05
试了cluster方法，还是不行呢？
gmx editconf -f ../topology/3b.gro -o 3b_box.gro -d 1.0 ,这样设置的 ...

我不知道你怎么定义的组
搞清楚-pbc cluster的用处和用法，结合实际情况判断怎么回事

chenbq18 发表于 Post on 2022-1-8 09:05:40

sobereva 发表于 2022-1-8 06:03
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-271 ...

试了cluster方法，还是不行呢？
gmx editconf -f ../topology/3b.gro -o 3b_box.gro -d 1.0 ,这样设置的box，应该没问题啊。box的大小不是自动根据蛋白大小决定的吗，边界1.0nm也正常呢

sobereva 发表于 Post on 2022-1-8 06:03:15

谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）
里面提了用-pbc cluster处理可以解决

另外，我感觉你这盒子设得太小

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register