sobereva 发表于 2022-1-8 06:31
量化计算之前，必须肉眼检查结构合理性，别上来就算，否则可能得到毫无意义的结构
如果存在不合理的近距离 ...

谢谢卢老师的耐心解答，我先研究一下您发来的这几个链接的内容。

量化计算之前，必须肉眼检查结构合理性，别上来就算，否则可能得到毫无意义的结构
如果存在不合理的近距离接触，必须手动调节二面角转开。或者基于正确的连接关系用分子力场做优化。只有当严重不合理接触都消除掉，肉眼看上去像个正经的分子结构，才能用量化方法去优化

先用acpype.py没有丝毫意义。你要搞清楚每个程序是以什么方式做什么。acpype处理过程中结构会被ambertools里的SQM在AM1级别下优化，这个级别早就过时了，而且SQM速度又慢。倘若你要快速做个预优化，应当用主流的半经验方法如PM7（G16、MOPAC都支持）或者GFN-xtb（xtb程序支持）做预优化。对于你这种体系，做个分子力场级别的预优化也足够了。

仔细看此文了解优化用的方法问题，不带色散校正显然不能用
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）

构造模型体系算RESP电荷用三个重复单元就够了，没必要用5个。封端的单元太多，不仅优化耗时高，还可能优化完了结构卷起来给中间那个关注的单元碍事。

当前不是在乙醇下算的，显然不适合solvent=ethanol。自定义溶剂，设成这种聚合物的实际的介电常数。怎么自定义下文说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）
优化带不带溶剂模型无所谓，但给Multiwfn算RESP电荷用的波函数必须是在考虑溶剂模型下产生的，因为溶剂模型对电荷分布有显著的极化作用，下文说了
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

这些多余的键说明Chem3D画出的结构不合理。画完以后应该先用分子力学之类的方法初步优化一下，更好的做法是退火一下，然后再用高斯做计算。
计算理论级别必须加色散校正，且优化完了必须做freq证明是局部极小值点结构，此外应该没什么问题