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使用pbc mol处理轨迹时，出现inconsistent shift，请问如何解决

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a9471163

发布时间: 2022-1-7 23:38

正文摘要:

本帖最后由 a9471163 于 2022-1-8 00:17 编辑各位老师，我做了二维COF的gromacs模拟 (NPT系综），所有原子都没有被固定，但COF的原子施加了位置限制，加位置限制是因为我希望COF原子只能在原地振动，防止COF出现 ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-1-8 11:25:03

a9471163 发表于 2022-1-8 11:04
谢谢老师，在显示的调整方面学到很多，后面我想计算mmpbsa，我想把COF按您说的，做pbc atom，然后输出只 ...

没有简单的方法直接合并，需要自己写点代码才行

a9471163 发表于 Post on 2022-1-8 11:04:29

本帖最后由 a9471163 于 2022-1-8 11:14 编辑

sobereva 发表于 2022-1-8 10:13
看此文里关于定义重新判断成键的命令
VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置
http://sobereva.com/545（ht ...

谢谢老师，在显示的调整方面学到很多，后面我想计算mmpbsa，我想把COF按您说的，做pbc atom，然后输出只含COF的xtc轨迹；而其他有机小分子我做pbc mol，然后输出只含有机小分子的xtc轨迹，这两个轨迹想做mmpbsa的话，我记得是必须合并成一条轨迹，想请教一下有办法合并它们吗（轨迹包含的原子数不同，但帧数相同，自己想要的合并效果是轨迹A的第一帧合并到轨迹B的第一帧，轨迹A的第二帧跟轨迹B的第二帧合并，以此类推）

sobereva 发表于 Post on 2022-1-8 10:13:03

a9471163 发表于 2022-1-8 10:01
谢谢sob老师，我吧限制性分子动力学轨迹的第一帧和最后一帧用VMD导出，载入VMD观察原子位置，发现序号相 ...

看此文里关于定义重新判断成键的命令
VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置
http://sobereva.com/545（http://bbs.keinsci.com/thread-16834-1-1.html）

sobereva 发表于 Post on 2022-1-8 06:18:10

COF是无限延展的体系，已经没有分子的概念了，所以不要考虑-pbc mol、cluster之类的，要处理顶多就是-pbc atom避免原子出现在盒子外面

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