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KST48:更强大的MECP程序

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发布时间: 2022-1-9 16:27

正文摘要:

本帖最后由 Accelerator 于 2024-11-6 22:02 编辑 注:KST48长期以来不断更新,添加了许多新功能,本文已明显过时。Github主页上有全面的使用方法介绍,并对多种典型应用场合给出了案例,请读者参考Github主页上 ...

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Accelerator 发表于 Post on 2024-11-6 22:05:50
本帖最后由 Accelerator 于 2024-11-6 22:06 编辑
meng0612 发表于 2024-11-6 21:33
请问老师,目前能算S0和S1的势能面交叉吗

Github主页有案例教程,里面直接给出了2个相关的例子:
S1-T1 MECP of a TADF molecule (如果你使用TD-DFT计算,可采用书写td关键字的方法)
ORCA CASSCF: S0/S1 crossing point of CH2 (如果你使用ORCA进行CASSCF计算,可采用书写tail1和tail2关键字的方法)
Huschein 发表于 Post on 2024-11-6 21:47:47
Accelerator 发表于 2022-1-24 19:31
程序的介绍性文章投到JOSS上后居然由于代码量太少被拒了(投稿时的版本大约800行,JOSS中送审的程序中行数 ...

JOSS的人真的不懂,我本来打算不想搞太麻烦,然后直接上JOSS,JOSS直接拒稿,然后索性又鼓捣三个月补充了很多功能和测试,现在在JCTC送审
meng0612 发表于 Post on 2024-11-6 21:33:02
请问老师,目前能算S0和S1的势能面交叉吗
hunterpyj 发表于 Post on 2024-5-4 09:25:30
赞!很好用的程序。不知作者能否考虑添加像sobMECP中将优化过程几何结构输出到traj.xyz的功能,这个对于判断结构变化有时还是很有用的
Li03 发表于 Post on 2023-11-1 21:09:53
请问目前支持圆锥交叉点的搜索吗
Accelerator 发表于 Post on 2023-10-20 12:58:32
搁置了许久,终于将这段时间内大家积攒的问题和诉求进行了一次更新。
本次更新内容:
新增功能
1. 原子固定:通过在输入文件内设置形如fixedAtoms = 1, 2-3的选项,可以实现原子固定,具体方法为优化过程中直接设置其梯度为0.编号从1开始,形如2-3的定义中包含原子3.
2. 对Gaussian的ONIOM计算的支持。需要设置如下选项:
  1. isONIOM = true # if you are using the ONIOM feature of Gaussian, set this true.
  2. chargeAndMultForONIOM1 = 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 #only useful for ONIOM calculation
  3. chargeAndMultForONIOM2 = 0 1 0 1 0 1 0 3 0 3 0 3 #only useful for ONIOM calculation
复制代码

此时先前的charge, mult1, mult2等可忽略。随后在geom部分定义分层信息,形如:
  1. C        2.02254521   -0.36259181   -0.01365118 M H 8
  2. H        2.37786899   -1.37187093   -0.01446684 M
  3. H        2.37789587    0.14134325   -0.88810836 M
  4. C        0.48255054   -0.36054374   -0.01015114 L H 1
  5. H        0.12722676    0.64873538   -0.00933548 L
  6. H        0.12322871   -0.86446478   -0.88299213 L
  7. H        0.12719988   -0.86447880    0.86430604 L
  8. N        2.51619296    0.32971093    1.18548551 H
  9. O        2.72397867   -0.30706606    2.22615545 H
  10. O        2.72401165    1.54934090    1.15437446 H
复制代码

注意原子符号后面要直接跟着X坐标。
3. 支持外链几何坐标文件
通过形如
  1. *geom
  2. @a.log
  3. *
复制代码

的方法,可以自动读取a.log中的最后一个几何坐标。支持Gaussian的.log文件、.gjf文件,以及.xyz文件(支持xyz轨迹,自动读取最后一个结构)。
4. Bug修复:修复了CASPT2读取能量不正确的问题。
jwx-yao 发表于 Post on 2023-9-19 19:26:03
wzkchem5 发表于 2023-9-18 19:39
如果自己解决了自己的问题,最好把解决方案也发一下,这样后人遇到类似问题就可以直接搜到这个帖子,不用 ...

我输入文件写错了,不是别的原因,这种也需要发一下吗
wzkchem5 发表于 Post on 2023-9-18 19:39:26
jwx-yao 发表于 2023-9-18 12:26
好的好的,谢谢谢谢,又试了试,解决问题了,感谢老师回答

如果自己解决了自己的问题,最好把解决方案也发一下,这样后人遇到类似问题就可以直接搜到这个帖子,不用再问一遍
jwx-yao 发表于 Post on 2023-9-18 19:26:24
wzkchem5 发表于 2023-9-18 17:15
但凡问报错问题,必须上传完整的输入输出文件
可能不是你orca输入文件写的问题,而是你的环境配置问题, ...

好的好的,谢谢谢谢,又试了试,解决问题了,感谢老师回答
wzkchem5 发表于 Post on 2023-9-18 17:15:17
jwx-yao 发表于 2023-9-18 09:10
请问老师可以发一个orca计算的实例吗,我想用orca算老是报错...

但凡问报错问题,必须上传完整的输入输出文件
可能不是你orca输入文件写的问题,而是你的环境配置问题,那样的话别人给orca计算的实例也没用,必须你给出你这里具体报的是什么错才行
jwx-yao 发表于 Post on 2023-9-18 16:10:08
请问老师可以发一个orca计算的实例吗,我想用orca算老是报错...
Accelerator 发表于 Post on 2023-8-16 11:55:30
yxdd98 发表于 2023-8-15 20:49
您好,请问KST48有约束原子坐标的功能吗?我的体系是簇模型,需要冻结边上的原子,我试着用了orca里的const ...

目前不能固定原子位置。我尽量在9月推出一个新版本,加入原子坐标冻结的功能,以及先前楼上提到的CASPT2读取也一直没改,在这个版本内一同加上。

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yxdd98 发表于 Post on 2023-8-15 20:49:18
您好,请问KST48有约束原子坐标的功能吗?我的体系是簇模型,需要冻结边上的原子,我试着用了orca里的constraints字段,但发现计算过程中本该冻结的原子位置还是会变化。
jmliu 发表于 Post on 2023-5-17 20:18:24
jmliu 发表于 2023-5-16 19:19
请问老师能发一个bagel的输入案例吗?我按照git下来的那个文件写的,试了好多次都没法运行。一直提示我的输 ...

问题已经解决了,期待大佬的新增caspt2的优化功能。

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