sobereva 发表于 2022-6-13 22:06
既然是反应，默认你是用AIMD或QM/MM MD
反应到什么程度看轨迹动画结合基本化学常识便知

谢谢社长的回复，我研究下！

uenh1998 发表于 2022-6-13 21:28
谢谢社长的回复，还想再进一步问下。怎么判断预期的反应完整结束呢。据我所知除了反应力场以外，是没有办 ...

既然是反应，默认你是用AIMD或QM/MM MD
反应到什么程度看轨迹动画结合基本化学常识便知

sobereva 发表于 2022-6-13 20:36
先随便跑个模拟，期间经常监控模拟轨迹，看到期望的反应出现并且反应完整结束后就把任务断了；如果预定时 ...

谢谢社长的回复，还想再进一步问下。怎么判断预期的反应完整结束呢。据我所知除了反应力场以外，是没有办法描述反应的成键断键过程的。还请社长指点迷津！

uenh1998 发表于 2022-6-13 19:25
想问下社长，如果说小分子是呆进去没多久就被催化了，那么按理说应该减小模拟时间，请问一般模拟几ns差不 ...

先随便跑个模拟，期间经常监控模拟轨迹，看到期望的反应出现并且反应完整结束后就把任务断了；如果预定时间跑完了还没出现，再续跑

sobereva 发表于 2022-1-11 03:24
这种事没有细节没法说
你先仔细观察配体和受体结合区域的特征，凭常识估计是否真有可能非共价的方式结合
...

想问下社长，如果说小分子是呆进去没多久就被催化了，那么按理说应该减小模拟时间，请问一般模拟几ns差不多可以

一般来说力场问题的概率很小

建议你先约束蛋白质和小分子，平衡体系中的水一段时间，再放开蛋白质除C-alpha以外的原子，，平衡一段时间，最后放开所有约束

这种事没有细节没法说
你先仔细观察配体和受体结合区域的特征，凭常识估计是否真有可能非共价的方式结合
现实中到底是什么结合方式也是要考虑的，说不定本来就没法稳定结合，比如小分子只是进去没呆多久就被催化了
力场显然不是唯一决定因素，何况你都尝试过两套力场了
另外，如果口袋区域比较柔的话，也可考虑给小分子和相互作用的残基加上限制势，强行维持住跑一段时间，让口袋自发调整而更好地与小分子作用，再去掉限制势继续跑